PDB-3gun: T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gun

タイトル

T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity--aniline binding

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / T4 lysozyme / apolar cavity / buried charge / ligand binding / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Liu, L. / Matthews, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
著者: Liu, L. / Baase, W.A. / Michael, M.M. / Matthews, B.W.

履歴

登録	2009年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gun.cif.gz	84.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gun.ent.gz	63.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3gun_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gun_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	3gun_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	3gun_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3gun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3gun	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3guiSC 3gujC 3gukC 3gulC 3gumC 3guoC 3gupC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lyh-d 1lyi-d 1b6i-d 1kni-d 102l-d 1l96-d 244l-d 1cu0-d 1cup-d 233l-d 1l67-d 1l64-d 1tla-d 1l69-d 1c6e-d 1l89-d 226l-d 1c6b-d 6ph0-d 2raz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lysozyme

B: Lysozyme

ヘテロ分子

37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.698, 48.698, 128.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 12
2	1	1	1	B	1 - 12
1	1	2	4	A	13 - 26
2	1	2	4	B	13 - 26
1	1	3	1	A	27 - 37
2	1	3	1	B	27 - 37
1	1	4	4	A	38 - 50
2	1	4	4	B	38 - 50
1	1	5	1	A	51 - 602
2	1	5	1	B - A	51 - 602

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18709.568 Da / 分子数: 2 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-ANL / ANILINE / アニリン分子量: 93.126 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇N
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 0.14M magnesium/calcium sulfate, 0.1M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 / 詳細: Si(111
放射	モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→45.54 Å / Num. obs: 46896 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GUI

3gui

解像度: 1.5→45.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 4.775 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25111	2379	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22132	-	-	-
obs	0.22285	44479	98.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.438 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2586	0	26	219	2831

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.834	1.968	3623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.689	5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.607	23.538	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.939	15	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.575	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.246	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.108	1.5	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.572	2	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.559	3	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.009	4.5	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	100	tight positional	0.03	0.05
3	79	tight positional	0.04	0.05
5	894	tight positional	0.03	0.05
2	123	medium positional	0.28	0.5
4	96	medium positional	0.2	0.5
1	100	tight thermal	0.22	0.5
3	79	tight thermal	0.36	0.5
5	894	tight thermal	0.18	0.5
2	123	medium thermal	1.14	2
4	96	medium thermal	0.98	2

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	176	-
R_work	0.253	3332	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1646	-0.205	2.3069	1.8198	3.2914	7.9987	-0.0311	-0.0033	0.4053	-0.2607	-0.21	-0.0732	-0.0305	-1.0184	0.2411	-0.0936	-0.0283	-0.0427	0.0943	0.0302	-0.0716	-0.982	13.634	-5.345
2	13.353	6.1177	0.7465	18.95	11.2828	19.058	0.1392	-0.1111	0.0598	1.0422	-1.1078	0.9712	2.0261	-2.7608	0.9686	0.0091	-0.3087	0.1102	0.4717	-0.1344	-0.1799	-6.004	12.334	12.788
3	2.4666	-0.3804	0.2085	0.9223	0.0461	3.2135	-0.0106	-0.0961	-0.0877	-0.0444	0.0412	0.0593	0.5554	-0.4611	-0.0305	0.0056	-0.0707	-0.0075	-0.0205	0.0274	-0.0948	3.824	4.222	-2.078
4	0.3189	0.18	0.1152	0.2676	0.0948	1.5244	-0.0157	-0.0682	-0.0384	-0.0567	-0.0159	0.0039	0.0342	0.0314	0.0317	-0.0238	0.0208	0.008	-0.0082	0.0136	-0.0406	12.078	12.324	-5.818
5	2.7853	0.142	2.1703	5.9891	2.2741	6.7085	-0.1461	-0.2009	-0.0284	0.0144	-0.0348	0.475	-0.8961	0.1017	0.1809	0.0652	-0.0388	0.019	-0.08	-0.0346	-0.0827	10.807	25.249	-6.856
6	5.7852	0.724	2.4964	4.3215	-2.7777	9.1722	-0.7362	0.7803	0.6918	-0.2297	-0.0728	0.3149	-1.3906	1.1463	0.809	0.3103	-0.1816	-0.1934	-0.06	0.1147	-0.19	12.369	30.043	-25.081
7	0.9808	-0.1517	0.341	2.3656	0.4002	3.1744	0.0096	0.004	0.038	-0.0885	-0.0049	-0.071	-0.4194	0.5234	-0.0047	-0.0384	-0.0624	0.0173	0.0082	0.0016	-0.103	20.132	20.397	-10.085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	165 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	169 - 732
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	165 - 166
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	168 - 731
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 12
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	13 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	51 - 162

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