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- PDB-3gto: Backtracked RNA polymerase II complex with 15mer RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gto
タイトルBacktracked RNA polymerase II complex with 15mer RNA
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 5
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • DNA (28-MER)
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*GP*CP*AP*C)-3')
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID / TRANSFERASE / DNA-RNA HYBRID / Backtrack / DNA-directed RNA polymerase / DNA binding / Isopeptide bond / Magnesium / Metal binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / Zinc-finger / DNA damage / DNA repair / TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / translesion synthesis / RNA polymerase II, core complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / peroxisome / ribosome biogenesis / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #140 / RNA polymerase ii / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 ...Gyrase A; domain 2 - #140 / RNA polymerase ii / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Gyrase A; domain 2 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / Homeodomain-like / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Wang, D. / Bushnell, D.A. / Huang, X. / Westover, K.D. / Levitt, M. / Kornberg, R.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structural basis of transcription: backtracked RNA polymerase II at 3.4 angstrom resolution.
著者: Wang, D. / Bushnell, D.A. / Huang, X. / Westover, K.D. / Levitt, M. / Kornberg, R.D.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
R: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*GP*CP*AP*C)-3')
T: DNA (28-MER)
N: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)487,85022
ポリマ－487,30213
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area65410 Å2
ΔGint-317.3 kcal/mol
Surface area148850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.851, 222.804, 194.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細ASYMMETRIC UNIT IS THE BIOLOGICAL UNIT

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 ABCIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / RNA polymerase II subunit 1 / DNA-directed RNA polymerase III ...RNA polymerase II subunit B1 / RNA polymerase II subunit 1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-directed RNA polymerase II largest subunit / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RNA polymerase II subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide / B150


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit B3 / RNA polymerase II subunit 3 / DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa ...RNA polymerase II subunit B3 / RNA polymerase II subunit 3 / DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide / B44.5


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 / DNA-directed RNA ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / B12.6


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide / B13.6


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 27 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 27 kDa polypeptide / ABC27


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1
断片: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 23 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 23 kDa polypeptide / ABC23


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1
断片: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 14.5 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 14.5 kDa polypeptide / ABC14.5 / ABC14.4


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1
断片: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 8.3 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 8.3 kDa polypeptide / ABC10-beta / ABC8


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1
断片: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#11: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*GP*CP*AP*C)-3')


分子量: 4854.977 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA strand / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#12: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8534.519 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA template strand / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic template DNA
#13: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 4286.789 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA non-template strand / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic non-template DNA

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2HPO4/NaH2PO411
2Dioxane11
3DTT11
4PEG 600011
5(NH4)2HPO4/NaH2PO412
6Dioxane12
7DTT12
8PEG 600012

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.211
シンクロトロンALS 5.0.221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年11月7日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年11月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射解像度: 4→50 Å / Num. obs: 54082 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 77.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GTG

3gtg


解像度: 4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 135.474 / SU ML: 0.8 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.894 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28979 2847 5.1 %RANDOM
Rwork0.26865 ---
obs0.26973 53353 93.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 125.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.61 Å20 Å2-8.71 Å2
2---7.93 Å20 Å2
3----2.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28140 1110 9 0 29259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02229910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.792.01740623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.80653518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.33424.0291333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.895155251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.45415222
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.24569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0222007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.214558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.219193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.21031
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3030.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7051.518262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.066228569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1313633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7244.512054
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4→4.11 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 182 -
Rwork0.352 3320 -
obs--79.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30330.86880.36341.082-0.00960.22740.120.01750.10380.0384-0.0007-0.11120.03140.1984-0.11920-0.0001-0.00010-0.0002047.4086.519339.4344
20.3789-0.24270.01990.4377-0.08950.49940.0524-0.05440.0530.12090.0409-0.02540.11350.1191-0.0933-0.02330.0165-0.1136-0.09420.0371-0.065127.0793-25.57869.7533
30.2030.02480.1430.34980.14710.28190.04310.00710.03090.0539-0.00820.01750.0348-0.0886-0.0349-0.1373-0.05810.044-0.05550.0494-0.0425-10.6763.343944.1721
40.06470.10220.24720.8536-0.01621.1838-0.13510.0483-0.01990.36430.153-0.2204-0.16940.0008-0.017900.0001000.0001024.587629.478292.2894
50.2269-0.40340.2620.7178-0.44781.1288-0.12020.13690.2525-0.0704-0.10210.00080.14640.5880.22230.000100.0001-0.0001-0.0001-0.000131.14611.481360.0005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 154
2X-RAY DIFFRACTION1A161 - 186
3X-RAY DIFFRACTION1A199 - 346
4X-RAY DIFFRACTION1A1395 - 1445
5X-RAY DIFFRACTION1B1151 - 1224
6X-RAY DIFFRACTION2A809 - 1141
7X-RAY DIFFRACTION2A1275 - 1394
8X-RAY DIFFRACTION2E2 - 215
9X-RAY DIFFRACTION2F72 - 155
10X-RAY DIFFRACTION3A347 - 808
11X-RAY DIFFRACTION3B20 - 70
12X-RAY DIFFRACTION3B90 - 217
13X-RAY DIFFRACTION3C3 - 268
14X-RAY DIFFRACTION3B406 - 437
15X-RAY DIFFRACTION3B446 - 668
16X-RAY DIFFRACTION3B678 - 715
17X-RAY DIFFRACTION3B722 - 919
18X-RAY DIFFRACTION3B933 - 1150
19X-RAY DIFFRACTION3J1 - 65
20X-RAY DIFFRACTION3K1 - 114
21X-RAY DIFFRACTION3L25 - 70
22X-RAY DIFFRACTION3H2 - 63
23X-RAY DIFFRACTION3H76 - 146
24X-RAY DIFFRACTION3I40 - 120
25X-RAY DIFFRACTION4A1142 - 1176
26X-RAY DIFFRACTION4A1187 - 1272
27X-RAY DIFFRACTION4B218 - 335
28X-RAY DIFFRACTION4B345 - 405
29X-RAY DIFFRACTION4I2 - 39
30X-RAY DIFFRACTION5N1 - 14
31X-RAY DIFFRACTION5T1 - 28
32X-RAY DIFFRACTION5R1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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