PDB-3gse: Crystal structure of menaquinone-specific isochorismate synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gse

タイトル

Crystal structure of menaquinone-specific isochorismate synthase from Yersinia pestis CO92

要素

Menaquinone-specific isochorismate synthase

キーワード

ISOMERASE / menaquinone-specific isochorismate synthase / menF / Yersinia pestis CO92 / YPO2528 / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / menaquinone biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Nocek, B. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of menaquinone-specific isochorismate synthase from Yersinia pestis CO92
著者: Nocek, B. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gse.cif.gz	101.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gse.ent.gz	76.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gse_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gse_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	3gse_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	3gse_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bznS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5esy-1 3fjm-d 2bih-d 4l6a-1 4dqv-d 4j1s-d 6b4g-1 6heh-d 6fm9-d 2wxz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00582

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Menaquinone-specific isochorismate synthase

ヘテロ分子

51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.190, 76.997, 70.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Menaquinone-specific isochorismate synthase 分子量: 51324.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: menF, YPO2528 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic 参照: UniProt: Q0WDZ8, UniProt: Q8D0S5*PLUS, isochorismate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate 10% dioxane, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→30 Å / Num. all: 20472 / Num. obs: 20090 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 12 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BZN

3bzn

解像度: 2.28→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 14.411 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2519	1029	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19299	-	-	-
obs	0.19604	19054	97.12 %	-
all	-	19709	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.89 Å²	0 Å²	3.22 Å²
2-	-	-1.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3370	0	15	164	3549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.954	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.874	3	5703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.992	5	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.771	23.6	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.779	15	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.153	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.643	1.5	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.148	1.5	855
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.219	2	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.173	3	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.362	4.5	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.276→2.335 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	59	-
R_work	0.189	1211	-
obs	-	-	85.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7306	-0.3448	0.3086	0.9548	-0.6165	1.9721	-0.0229	-0.0855	-0.0072	0.114	-0.005	0.0589	-0.0076	-0.0009	0.0279	0.0749	-0.0064	0.0033	0.056	-0.0153	0.0771	-18.949	-3.5393	0.7009
2	0.8658	-0.222	0.3157	0.6636	-0.6676	2.4888	0.0194	-0.0465	-0.0589	-0.0545	0.0327	0.1067	0.1017	-0.2411	-0.0521	0.0913	-0.0205	0.015	0.0712	-0.0136	0.1332	-22.3316	-6.734	-1.4253
3	2.4755	0.4082	3.373	0.1504	0.0978	8.4829	-0.1505	0.1617	-0.029	-0.021	0.0711	-0.0489	0.1847	0.3438	0.0793	0.2358	0.0622	0.0114	0.1697	-0.0745	0.1268	-9.0889	-12.2593	-29.8512
4	0.9486	0.1091	0.2694	1.4039	0.2051	2.6187	0.0286	0.1235	0.0085	-0.2441	-0.123	0.0261	0.194	0.0568	0.0945	0.1103	0.0632	0.0265	0.07	-0.0111	0.0626	-14.6828	-4.9172	-25.3969
5	2.8111	0.1397	-1.7165	0.828	-0.2131	1.513	0.0675	0.125	0.1022	-0.1006	0.0133	0.0008	-0.0064	0.0251	-0.0809	0.0605	0.0128	0.0015	0.058	0.0017	0.0596	-15.2413	14.9887	-26.2096
6	4.2689	-0.5309	-1.9285	1.2654	-0.1425	1.8429	-0.0107	0.0328	-0.0016	-0.0493	0.0361	0.081	-0.0704	-0.0316	-0.0254	0.0909	0.0036	0.0138	0.0664	0.0202	0.0621	-19.0474	15.7265	-23.3637
7	1.6604	-1.2259	-1.6562	4.5924	1.9065	4.5994	0.0491	0.2779	-0.012	-0.159	-0.1009	0.3055	0.007	-0.5528	0.0518	0.0467	0.0126	-0.0482	0.1421	0.0041	0.086	-31.0306	8.6466	-18.1518
8	3.2723	0.4363	-1.4949	9.5753	-2.9481	8.1383	-0.0655	0.1798	0.2365	-0.0628	-0.1581	0.438	-0.1027	-0.7425	0.2237	0.1322	0.0507	-0.1045	0.2962	-0.0566	0.179	-29.3668	-1.4571	-34.8496
9	1.3821	-0.8761	-1.3796	2.409	2.0397	3.8557	-0.076	0.0433	-0.0152	-0.0019	0.1025	-0.0407	0.2793	0.053	-0.0265	0.0835	0.0041	-0.0107	0.0601	-0.0096	0.0852	-19.0204	-3.3825	-19.3347
10	1.5916	-0.5563	3.0441	0.7926	-1.9496	7.722	-0.2306	0.5199	-0.0491	0.0041	0.1024	-0.0423	-0.6983	0.9334	0.1282	0.6021	-0.1806	0.0033	0.4831	0.0372	0.3316	-10.1093	-2.3254	-37.0729

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	89 - 168
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	169 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	257 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	311 - 341
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	342 - 364
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	365 - 381
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	382 - 421
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	422 - 447

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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