PDB-3gsd: 2.05 Angstrom structure of a divalent-cation tolerance protein (C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gsd

タイトル

2.05 Angstrom structure of a divalent-cation tolerance protein (CutA) from Yersinia pestis

要素

Divalent-cation tolerance protein cutA

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CutA / idp00456 / divalent-cation tolerance protein / Metal-binding / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

response to metal ion / copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.05 Angstrom Structure of a Divalent-cation Tolerance Protein (CutA) from Yersinia pestis
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2009年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gsd.cif.gz	312.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gsd.ent.gz	255.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gsd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3gsd_validation.pdf.gz	553.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gsd_full_validation.pdf.gz	567.6 KB	表示
XML形式データ	3gsd_validation.xml.gz	64.9 KB	表示
CIF形式データ	3gsd_validation.cif.gz	88.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gsd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nuhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hes-d 4e98-d 1osc-1 2zfh-1 1o5j-1 3ahp-2 1umj-1 3aa9-d 4nyp-1 1v3r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp00456

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Divalent-cation tolerance protein cutA

B: Divalent-cation tolerance protein cutA

C: Divalent-cation tolerance protein cutA

D: Divalent-cation tolerance protein cutA

E: Divalent-cation tolerance protein cutA

F: Divalent-cation tolerance protein cutA

G: Divalent-cation tolerance protein cutA

H: Divalent-cation tolerance protein cutA

I: Divalent-cation tolerance protein cutA

J: Divalent-cation tolerance protein cutA

K: Divalent-cation tolerance protein cutA

L: Divalent-cation tolerance protein cutA

ヘテロ分子

168 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Divalent-cation tolerance protein cutA

B: Divalent-cation tolerance protein cutA

C: Divalent-cation tolerance protein cutA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Divalent-cation tolerance protein cutA

E: Divalent-cation tolerance protein cutA

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ヘテロ分子

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41.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Divalent-cation tolerance protein cutA

H: Divalent-cation tolerance protein cutA

I: Divalent-cation tolerance protein cutA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Divalent-cation tolerance protein cutA

K: Divalent-cation tolerance protein cutA

L: Divalent-cation tolerance protein cutA

ヘテロ分子

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42 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	140.782, 157.914, 157.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Divalent-cation tolerance protein cutA 分子量: 13547.817 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / Biovar Orientalis / 遺伝子: cutA, y0604, YPO0346, YP_0500 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74XD3

#1: タンパク質

Divalent-cation tolerance protein cutA

分子量: 13547.817 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / Biovar Orientalis / 遺伝子: cutA, y0604, YPO0346, YP_0500 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74XD3

-
非ポリマー , 5種, 1237分子

#2: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES pH 7.5. Well solution: 20% PEG 3350, 0.2M Sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7.5. Cryo solution: 7% Glycerol, 7% Sucrose, 7% Ethylene glycol, VAPOR ...詳細: Protein solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES pH 7.5. Well solution: 20% PEG 3350, 0.2M Sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7.5. Cryo solution: 7% Glycerol, 7% Sucrose, 7% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.21 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES pH 7.5. Well solution: 20% PEG 3350, 0.2M Sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7.5. Cryo solution: 7% Glycerol, 7% Sucrose, 7% Ethylene glycol, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→29.59 Å / Num. all: 107769 / Num. obs: 107769 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.4 Å² / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 5167 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2NUH

2nuh

解像度: 2.05→29.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 7.369 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Atomic temperature factors refined individually
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20039	5358	5 %	RANDOM
R_work	0.15648	-	-	-
all	0.15868	101920	-	-
obs	0.15868	101920	98.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.164 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9936	0	313	1187	11436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	11126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.209	1.996	15275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.777	5	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.891	26.115	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.493	15	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.964	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.191	1.5	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.002	2	10961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.361	3	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.079	4.5	4314

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	378	-
R_work	0.193	7201	-
obs	-	7201	94.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4094	-0.0604	0.0687	0.517	0.1111	0.5281	0.0086	-0.0078	-0.0061	0.034	0.0007	0.0256	-0.0197	0.0336	-0.0093	0.0049	-0.0018	0.0024	0.0033	-0.001	0.0017	44.9608	63.9435	31.9843
2	0.6488	-0.0153	-0.3466	0.4011	-0.0228	0.2804	-0.0014	-0.053	-0.007	0.0118	-0.0069	-0.0264	-0.0215	0.0307	0.0083	0.0061	0.0005	-0.0021	0.0057	0.0002	0.0026	53.4495	64.8755	25.5721
3	1.433	-0.1357	-0.0674	0.1182	-0.2535	0.7167	-0.0247	-0.0187	-0.003	0.045	0.0064	0.0123	-0.1186	0.0095	0.0183	0.0226	-0.0012	-0.0048	0.0046	0.0114	0.0315	44.3798	73.4058	29.7574
4	0.0443	-0.0695	0.0731	1.0094	0.2889	0.3126	-0.0123	-0.0175	-0.0033	0.0046	-0.0199	0.1054	-0.0246	-0.0678	0.0323	0.0037	0.003	-0.0016	0.0377	0.0068	0.0154	31.5236	60.5848	22.4801
5	0.778	0.4781	1.0411	0.9551	0.3485	3.2195	-0.1166	0.0638	0.1135	0.0427	0.0588	0.159	-0.1677	0.045	0.0578	0.04	-0.0082	-0.0067	0.0241	0.0212	0.0397	39.6821	60.4596	5.5705
6	0.4662	-0.1327	0.2873	0.6926	0.0428	0.8896	0.0032	0.0059	-0.0435	0.0152	-0.0008	0.0259	0.0557	0.0082	-0.0024	0.0061	-0.0005	-0.0004	0.0005	0.0006	0.0072	41.8211	43.3172	16.803
7	0.3057	0.0591	0.0302	0.1565	0.2443	0.4274	-0.0117	-0.0117	-0.01	0.0165	-0.0022	0.024	0.0329	-0.0093	0.0139	0.0032	-0.0004	0.0009	0.0028	0.0077	0.0279	38.0432	50.5625	22.4232
8	0.9552	0.0515	0.1046	0.4993	-0.0648	0.4476	0.0272	0.0998	0.014	-0.0789	0.0036	0.039	-0.0484	0.0568	-0.0307	0.0233	-0.0042	-0.0022	0.0172	-0.0005	0.0055	44.7255	55.9268	2.1563
9	0.6293	0.0271	-0.0612	0.1689	0.0513	0.3907	-0.0025	0.0133	-0.0167	-0.0091	0.0237	-0.0066	-0.016	0.0229	-0.0211	0.001	-0.002	0.0011	0.0051	-0.0018	0.0019	59.6137	62.5448	12.4729
10	0.2172	0.3402	0.0311	0.5533	-0.0429	0.4322	0.0141	0.0196	-0.0449	0.012	0.0259	-0.0637	0.0479	0.0185	-0.04	0.006	0.0036	-0.0062	0.0049	-0.004	0.0125	53.2502	51.5895	12.2982
11	1.3569	-0.0735	-0.0825	1.3936	0.2001	0.2977	0.0201	0.1217	-0.0016	-0.0735	-0.0047	-0.0184	-0.0447	0.0193	-0.0154	0.0084	-0.0028	0.0023	0.023	0.0002	0.0012	57.1126	62.2353	4.0203
12	0.1794	-0.1494	-0.2398	0.4627	-0.1092	1.0064	0.031	0.0121	0.043	0.02	-0.0049	0.0134	-0.1105	-0.0212	-0.0261	0.0133	0.0028	0.0088	0.0009	0.0035	0.0318	49.6798	74.3926	16.6208
13	0.7577	0.0732	0.0341	0.383	0.1484	0.1898	-0.0011	-0.004	-0.0155	-0.0231	-0.0184	-0.0058	-0.0094	0.0123	0.0195	0.0017	0.0007	-0.0003	0.0041	0.004	0.0047	59.0302	10.8687	14.4515
14	0.3771	0.5216	-0.3655	1.3175	-0.5961	0.5621	-0.0122	-0.0291	-0.016	0.0649	-0.0395	-0.097	0.0277	0.0783	0.0518	0.018	0.0057	-0.0074	0.0183	0.0089	0.0139	53.4463	6.5477	34.554
15	0.4719	-0.0048	-0.0116	0.5338	0.1206	0.9199	-0.0156	-0.0132	-0.0589	-0.0326	-0.0045	-0.0094	0.031	-0.0092	0.0202	0.0047	-0.0002	0.0023	0.001	0.0027	0.0107	56.5008	4.0288	15.6519
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47	1.0743	0.0447	0.076	0.2239	-0.0037	1.4371	0.0199	0.0194	-0.1135	0.0564	0.0139	0.0222	0.0502	-0.0292	-0.0337	0.0161	0.0026	0.0036	0.0018	0.0001	0.0167	9.2924	5.8778	-13.4708
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	99 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	15 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	21 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	44 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	100 - 119
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	16 - 43
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	44 - 77
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	78 - 98
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	99 - 119
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	16 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	51 - 66
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	67 - 98
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	99 - 119
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	16 - 43
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	44 - 76
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	77 - 99
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	100 - 119
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	15 - 42
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	43 - 79
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	80 - 105
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	106 - 119
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	16 - 50
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	51 - 68
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	69 - 101
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	102 - 119
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	16 - 50
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	51 - 68
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	69 - 103
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	104 - 119
33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	17 - 48
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	49 - 78
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	79 - 97
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	98 - 119
37	X-RAY DIFFRACTION	37	J	16 - 42
38	X-RAY DIFFRACTION	38	J	43 - 77
39	X-RAY DIFFRACTION	39	J	78 - 99
40	X-RAY DIFFRACTION	40	J	100 - 119
41	X-RAY DIFFRACTION	41	K	17 - 50
42	X-RAY DIFFRACTION	42	K	51 - 66
43	X-RAY DIFFRACTION	43	K	67 - 102
44	X-RAY DIFFRACTION	44	K	103 - 119
45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	16 - 44
46	X-RAY DIFFRACTION	46	L	45 - 77
47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	78 - 99
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	100 - 119

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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