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- PDB-3gsb: CRYSTAL STRUCTURE OF GLUTAMATE-1-SEMIALDEHYDE AMINOMUTASE IN COMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gsb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GLUTAMATE-1-SEMIALDEHYDE AMINOMUTASE IN COMPLEX WITH GABACULINE
要素PROTEIN (GLUTAMATE SEMIALDEHYDE AMINOTRANSFERASE)
キーワードISOMERASE / CHLOROPHYLL BIOSYNTHESIS / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ASYMMETRIC DIMER / GABACULINE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase / glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase activity / chlorophyll biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetrapyrrole biosynthesis, glutamate-1-semialdehyde aminotransferase / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Tetrapyrrole biosynthesis, glutamate-1-semialdehyde aminotransferase / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINOBENZOIC ACID / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hennig, M. / Jansonius, J.N.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of glutamate-1-semialdehyde aminomutase: an alpha2-dimeric vitamin B6-dependent enzyme with asymmetry in structure and active site reactivity.
著者: Hennig, M. / Grimm, B. / Contestabile, R. / John, R.A. / Jansonius, J.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Wild-Type and K272A Mutant Glutamate 1-Semialdehyde Aminotransferase from Synechococcus
著者: Hennig, M. / Grimm, B. / Jenny, M. / Muller, R. / Jansonius, J.N.
履歴
登録1998年6月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
置き換え1999年8月17日ID: 3GSA
改定 1.01999年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLUTAMATE SEMIALDEHYDE AMINOTRANSFERASE)
B: PROTEIN (GLUTAMATE SEMIALDEHYDE AMINOTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7535
ポリマ－92,1192
非ポリマー6333
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10800 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.600, 108.600, 123.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A STRUCTURALLY ASYMMETRIC HOMODIMER.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GLUTAMATE SEMIALDEHYDE AMINOTRANSFERASE) / GLUTAMATE SEMIALDEHYDE AMINOMUTASE


分子量: 46059.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: GR6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009
参照: UniProt: P24630, glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase
#2: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#3: 化合物 ChemComp-GAB / 3-AMINOBENZOIC ACID / GABACULINE / 3-アミノ安息香酸


分子量: 137.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: COFACTORS AND WATERS WERE REMOVED FROM THE MODEL
結晶化pH: 7
詳細: 50MM NA-CACODYLATE BUFFER PH 7.0, 200 MM MG-ACETATE, 19.5% PEG 10,000, SOAKING CONDITIONS: 3MM GABACULINE FOR 4 DAYS
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Hennig, M., (1994) J.Mol.Biol., 242, 591.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.6-6 mg/mlprotein1drop
230 mMsodium cacodylate1drop
380 mMmagnesium acetate1drop
47.8 %PEG100001drop
5200 mMmagnesium acetate1reservoir
619.5 %PEG100001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15 Å / Num. obs: 18662 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 57653 / Rmerge(I) obs: 0.114

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化開始モデル: GSAT WILD-TYPE (NATIVE) STRUCTURE

解像度: 3→15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 -5 %
Rwork0.159 --
obs0.159 18662 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6402 0 42 157 6601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3
LS精密化 シェル解像度: 3→3.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 39 5 %
Rwork0.28 811 -
obs--96.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.38 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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