+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gro | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human palmitoyl-protein thioesterase 1 | ||||||
要素 | Palmitoyl-protein thioesterase 1Palmitoyl(protein) hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / neuronal ceroid lipofuscinosis / neurodegeneration (神経変性疾患) / Structural Genomics Consortium / SGC / Disease mutation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lysosome (リソソーム) / Polymorphism / Sensory transduction / Vision | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of phospholipase A2 activity / protein catabolic process => GO:0030163 / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / sulfatide binding / : / 飲作用 / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / thiolester hydrolase activity ...regulation of phospholipase A2 activity / protein catabolic process => GO:0030163 / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / sulfatide binding / : / 飲作用 / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / thiolester hydrolase activity / membrane raft organization / positive regulation of pinocytosis / lysophosphatidic acid binding / sphingolipid catabolic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / lysosomal lumen acidification / grooming behavior / neurotransmitter secretion / regulation of synapse structure or activity / response to stimulus / 学習 / neuron development / lipid catabolic process / 視覚 / lysosomal lumen / receptor-mediated endocytosis / adult locomotory behavior / protein catabolic process / brain development / negative regulation of cell growth / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / シナプス小胞 / protein transport / nervous system development / negative regulation of neuron apoptotic process / リソソーム / 脂質ラフト / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / 樹状突起 / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å | ||||||
データ登録者 | Dobrovetsky, E. / Seitova, A. / Tong, Y. / Tempel, W. / Dong, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Dobrovetsky, E. / Seitova, A. / Tong, Y. / Tempel, W. / Dong, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Cossar, D. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Human palmitoyl-protein thioesterase 1 著者: Dobrovetsky, E. / Seitova, A. / Tong, Y. / Tempel, W. / Dong, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Cossar, D. / Park, H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gro.cif.gz | 118.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3gro.ent.gz | 91.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gro | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1ei9S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34145.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPT1, PPT / プラスミド: pFHMSp-lic-C / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P50897, palmitoyl[protein] hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-UNX / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4 詳細: 24% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate. Cryoprotectant: 9 parts reservoir + 1 part 80% glycerol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 21818 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Χ2: 1.798 / Net I/σ(I): 6.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1EI9 解像度: 2.53→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.177 / SU B: 9.194 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. Programs coot, molprobity have also been used in refinement.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.206 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.53→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|