PDB-3gr8: Structure of OYE from Geobacillus kaustophilus, orthorhombic crys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gr8

タイトル

Structure of OYE from Geobacillus kaustophilus, orthorhombic crystal form

要素

NADPH dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVIN / FMN / BETA-ALPHA-BARREL / Flavoprotein / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase / : / NADPH dehydrogenase activity / response to toxic substance / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Uhl, M.K. / Gruber, K.

引用

ジャーナル: ADV.SYNTH.CATAL. / 年: 2011
タイトル: Old Yellow Enzyme-Catalyzed Dehydrogenation of Saturated Ketones
著者: Schittmayer, M. / Zach, S. / Winkler, M. / Winkler, A. / Macheroux, P. / Uhl, M.K. / Gruber, K. / Kambourakis, S. / Rozzell, D. / Glieder, A.

履歴

登録	2009年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gr8.cif.gz	150.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gr8.ent.gz	117 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gr8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gr8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3gr8_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	3gr8_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3gr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gr7C 1z41S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1z44-1 1z41-1 1z42-1 1z48-1 3krz-d 3kru-d 3gr7-1 3t6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase

B: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

B: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

B: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
77.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

B: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.394, 151.930, 143.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase / GkOYE / Xenobiotic reductase 分子量: 37725.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 遺伝子: namA / プラスミド: pEamTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: Q5KXG9, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 50mM Bis-Tris, 50mM ammonium sulfate, 30% v/v pentaerythritole ethoxylate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→37 Å / Num. all: 30975 / Num. obs: 30975 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.815 Å² / R_sym value: 0.166 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / R_sym value: 0.53 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1z41

1z41

解像度: 2.5→36.214 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.878 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	1562	5.04 %	random
R_work	0.188	-	-	-
all	-	30975	-	-
obs	-	30975	97.61 %	-

溶媒の処理

B_sol: 40.01 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.09 Å² / B_iso mean: 22.127 Å² / B_iso min: 10.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.046 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.059 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.986 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.214 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5316	0	95	264	5675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.051	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.116	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.496-2.51	0.236	376	X-RAY DIFFRACTION	59	73
2.51-2.525	0.23	386	X-RAY DIFFRACTION	59	75
2.525-2.54	0.224	408	X-RAY DIFFRACTION	59	76
2.54-2.555	0.223	401	X-RAY DIFFRACTION	59	75
2.555-2.571	0.216	411	X-RAY DIFFRACTION	59	77
2.571-2.587	0.222	382	X-RAY DIFFRACTION	59	74
2.587-2.603	0.223	423	X-RAY DIFFRACTION	59	78
2.603-2.62	0.209	516	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.62-2.638	0.221	490	X-RAY DIFFRACTION	59	94
2.638-2.655	0.216	509	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.655-2.674	0.193	504	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.674-2.693	0.197	489	X-RAY DIFFRACTION	59	94
2.693-2.712	0.207	492	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.712-2.732	0.21	527	X-RAY DIFFRACTION	59	96
2.732-2.752	0.227	502	X-RAY DIFFRACTION	59	94
2.752-2.773	0.217	493	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.773-2.795	0.222	510	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.795-2.818	0.216	519	X-RAY DIFFRACTION	59	97
2.818-2.841	0.199	504	X-RAY DIFFRACTION	59	97
2.841-2.865	0.216	504	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.865-2.89	0.205	522	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.89-2.916	0.209	485	X-RAY DIFFRACTION	59	93
2.916-2.943	0.217	517	X-RAY DIFFRACTION	59	95
2.943-2.97	0.192	487	X-RAY DIFFRACTION	59	94
2.97-2.999	0.211	519	X-RAY DIFFRACTION	59	96
2.999-3.029	0.223	519	X-RAY DIFFRACTION	59	96
3.029-3.06	0.196	506	X-RAY DIFFRACTION	59	96
3.06-3.093	0.209	513	X-RAY DIFFRACTION	59	96
3.093-3.127	0.183	517	X-RAY DIFFRACTION	59	95
3.127-3.162	0.196	493	X-RAY DIFFRACTION	59	94
3.162-3.2	0.203	508	X-RAY DIFFRACTION	59	94
3.2-3.239	0.192	494	X-RAY DIFFRACTION	59	94
3.239-3.28	0.191	503	X-RAY DIFFRACTION	59	94
3.28-3.323	0.181	520	X-RAY DIFFRACTION	59	95
3.323-3.368	0.185	482	X-RAY DIFFRACTION	59	92
3.368-3.416	0.187	513	X-RAY DIFFRACTION	59	95
3.416-3.467	0.173	512	X-RAY DIFFRACTION	59	96
3.467-3.521	0.172	513	X-RAY DIFFRACTION	59	94
3.521-3.579	0.162	495	X-RAY DIFFRACTION	59	95
3.579-3.641	0.172	517	X-RAY DIFFRACTION	59	96
3.641-3.707	0.165	522	X-RAY DIFFRACTION	59	97
3.707-3.778	0.179	526	X-RAY DIFFRACTION	59	96
3.778-3.855	0.156	512	X-RAY DIFFRACTION	59	95
3.855-3.939	0.157	515	X-RAY DIFFRACTION	59	95
3.939-4.03	0.164	498	X-RAY DIFFRACTION	59	93
4.03-4.131	0.149	528	X-RAY DIFFRACTION	59	96
4.131-4.242	0.154	492	X-RAY DIFFRACTION	59	95
4.242-4.367	0.144	531	X-RAY DIFFRACTION	59	94
4.367-4.508	0.14	514	X-RAY DIFFRACTION	59	95
4.508-4.669	0.16	521	X-RAY DIFFRACTION	59	95
4.669-4.855	0.16	514	X-RAY DIFFRACTION	59	94
4.855-5.076	0.172	506	X-RAY DIFFRACTION	59	93
5.076-5.342	0.16	527	X-RAY DIFFRACTION	59	96
5.342-5.676	0.196	507	X-RAY DIFFRACTION	59	94
5.676-6.112	0.215	521	X-RAY DIFFRACTION	59	94
6.112-6.724	0.204	534	X-RAY DIFFRACTION	59	96
6.724-7.689	0.192	539	X-RAY DIFFRACTION	59	95
7.689-9.656	0.156	544	X-RAY DIFFRACTION	59	95
9.656-36.218	0.18	581	X-RAY DIFFRACTION	59	96

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関連情報:EMDBヘッダ

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