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万見
- PDB-3gr4: Activator-Bound Structure of Human Pyruvate Kinase M2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gr4
タイトルActivator-Bound Structure of Human Pyruvate Kinase M2
要素Pyruvate kinase isozymes M1/M2
キーワードTRANSFERASE / activator / Acetylation / Allosteric enzyme / Alternative splicing / Glycolysis / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Pyruvate / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / MHC class II protein complex binding / extracellular vesicle / protein tyrosine kinase activity / : / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / histone H3T11 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cilium / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-DYY / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / L(+)-TARTARIC ACID / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / Auld, D. / Thomas, C. / Boxer, M. / Jianq, J.-K. / Skoumbourdis, A. / Min, S. / Southall, N. ...Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / Auld, D. / Thomas, C. / Boxer, M. / Jianq, J.-K. / Skoumbourdis, A. / Min, S. / Southall, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Inglese, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Activator-Bound Structures of Human Pyruvate Kinase M2
著者: Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / Auld, D. / Thomas, C. / Boxer, M. / Jianq, J.-K. / Skoumbourdis, A. / Min, S. / Southall, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...著者: Hong, B. / Dimov, S. / Tempel, W. / Auld, D. / Thomas, C. / Boxer, M. / Jianq, J.-K. / Skoumbourdis, A. / Min, S. / Southall, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Inglese, J. / Park, H.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
B: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
C: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
D: Pyruvate kinase isozymes M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,96036
ポリマ－240,2004
非ポリマー3,75932
水16,520917
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21360 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area69080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.275, 153.206, 93.138
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Pyruvate kinase isozymes M1/M2 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Pyruvate kinase 2/3 / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / ...Pyruvate kinase muscle isozyme / Pyruvate kinase 2/3 / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / THBP1


分子量: 60050.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM2, PK2, PK3, PKM / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 945分子

#3: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-DYY / 1-[(2,6-difluorophenyl)sulfonyl]-4-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-ylsulfonyl)piperazine / 1-(2,6-ジフルオロフェニルスルホニル)-4-(1,4-ベンゾジオキサン-6-イルスルホニル)ピペラジン


分子量: 460.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18F2N2O6S2
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 18 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M diammonium tartrate, 0.005M activator, 0.005M ADP, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 283418 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.369 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.662.50.707221121.13775.2
1.66-1.722.90.579263711.06290
1.72-1.83.40.468289901.07798.7
1.8-1.93.80.352294011.158100
1.9-2.023.80.24293391.46299.9
2.02-2.173.80.151293851.58799.9
2.17-2.393.80.093293831.40199.9
2.39-2.743.90.061294371.292100
2.74-3.453.90.05294522.052100
3.45-503.80.026295481.15699.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
prodrg精密化
精密化開始モデル: isomorphous replacement with pdb entry 3GQY

3gqy


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.2 / SU B: 2.128 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2916 1.04 %thin shells (sftools)
Rwork0.208 ---
obs0.208 280370 96.273 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.294 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.546 Å20 Å2-0.94 Å2
2---0.011 Å20 Å2
3---0.136 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15294 0 292 917 16503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02215834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.98521531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8893.00125640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37552064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.87523.725612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.864152590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.46515115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02117666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.483210223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.43424167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.239316389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80225611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.80335132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.64100.362158652144173.994
1.641-1.6860.342030.318176742093785.385
1.686-1.7350.3362290.281189672033294.413
1.735-1.7880.2932380.273193161975998.963
1.788-1.8470.2882130.256189111917799.724
1.847-1.9110.2582190.243181251846599.345
1.911-1.9830.2581970.238176201791199.475
1.983-2.0640.2491720.228168961719199.285
2.064-2.1550.2271670.217162731649199.691
2.155-2.260.2311500.218155721581899.393
2.26-2.3810.2281550.203148031504699.415
2.381-2.5240.2372360.201139741423299.845
2.524-2.6970.2361040.2132101333399.857
2.697-2.9120.2251110.208123701251399.744
2.912-3.1860.2091510.212112911146499.808
3.186-3.5580.2231040.198102851041499.76
3.558-4.0980.218600.1729117920299.728
4.098-4.9960.1961150.1447703782399.936
4.996-6.970.215550.1916044610299.951
6.97-300.173370.1863438357297.284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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