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- PDB-3gqs: Crystal structure of the FHA domain of CT664 protein from Chlamyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gqs
タイトルCrystal structure of the FHA domain of CT664 protein from Chlamydia trachomatis
要素Adenylate cyclase-like protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / FHA domain / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / CdsD, periplasmic PD2 domain / Type III secretion system YscD/HrpQ / YscD, cytoplasmic domain / Inner membrane component of T3SS, cytoplasmic domain / BON domain profile. / BON domain / BON domain / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 ...: / CdsD, periplasmic PD2 domain / Type III secretion system YscD/HrpQ / YscD, cytoplasmic domain / Inner membrane component of T3SS, cytoplasmic domain / BON domain profile. / BON domain / BON domain / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Adenylate cyclase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Majorek, K.A. / Cymborowski, M. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Zimmerman, M.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. ...Majorek, K.A. / Cymborowski, M. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Zimmerman, M.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the FHA domain of CT664 protein from Chlamydia trachomatis
著者: Majorek, K.A. / Cymborowski, M. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Zimmerman, M.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Minor, W.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase-like protein
B: Adenylate cyclase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6353
ポリマ－22,5402
非ポリマー951
水1,44180
1
A: Adenylate cyclase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3652
ポリマ－11,2701
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adenylate cyclase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2701
ポリマ－11,2701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.387, 86.475, 94.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-19-

PHE

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

-
要素

#1: タンパク質 Adenylate cyclase-like protein


分子量: 11269.789 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 380-485 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/CX / 遺伝子: CT664, CT_664 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: O84671
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M Na di-Hydrogen phosphate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→31.77 Å / Num. all: 13892 / Num. obs: 13892 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Rsym value: 0.529 / Net I/σ(I): 24.379
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0062精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FF4

2ff4


解像度: 2.2→31.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 14.043 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Program COOT has also been used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24419 499 4.8 %RANDOM
Rwork0.19442 ---
all0.19675 9952 --
obs0.19675 9952 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å20 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1475 0 5 80 1560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.9672084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99432393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.675206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4225.26357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.915258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.888155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8721.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2011.5422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55521617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2443525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4324.5466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1159 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.855
loose thermal3.3910
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 39 -
Rwork0.238 653 -
obs--88.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.391-0.48870.39996.1080.35084.22470.13950.03840.0223-0.2249-0.1096-0.0908-0.11330.2052-0.030.03980.04040.02610.13920.00490.126238.69741.06936.73
22.467-1.5005-0.52062.6078-0.18813.9302-0.1572-0.151-0.01920.18180.1370.02390.0631-0.01660.02010.01810.0152-0.00790.0158-0.01260.061523.13661.04633.88
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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