PDB-3gqb: Crystal Structure of the A3B3 complex from V-ATPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gqb

タイトル

Crystal Structure of the A3B3 complex from V-ATPase

要素

V-type ATP synthase alpha chain
V-type ATP synthase beta chain

キーワード

HYDROLASE / A3B3 / V-ATPase / ATP synthesis / ATP-binding / Hydrogen ion transport / Ion transport / Nucleotide-binding / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能

Rossmann fold - #12240 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Meher, M. / Akimoto, S. / Iwata, M. / Nagata, K. / Hori, Y. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yokoyama, K.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of A(3)B(3) complex of V-ATPase from Thermus thermophilus.
著者: Maher, M.J. / Akimoto, S. / Iwata, M. / Nagata, K. / Hori, Y. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Yokoyama, K.

履歴

登録	2009年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gqb.cif.gz	417.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gqb.ent.gz	338.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gqb_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gqb_full_validation.pdf.gz	572.1 KB	表示
XML形式データ	3gqb_validation.xml.gz	91.7 KB	表示
CIF形式データ	3gqb_validation.cif.gz	127.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/3gqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/3gqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ezh-d 1sky-d 4eyu-d 1d8s-3 6ktj-d 5yap-d 5aca-d 5nej-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (16) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (13) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: V-type ATP synthase alpha chain

B: V-type ATP synthase beta chain

C: V-type ATP synthase alpha chain

D: V-type ATP synthase beta chain

231 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: V-type ATP synthase alpha chain

B: V-type ATP synthase beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: V-type ATP synthase alpha chain

D: V-type ATP synthase beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	199.368, 199.368, 179.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	V-type ATP synthase alpha chain / V-ATPase subunit A 分子量: 63637.762 Da / 分子数: 2 / 変異: C28S, T235S, C255S, C507S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: atpA, TTHA1273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56403, H+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質	V-type ATP synthase beta chain / V-ATPase subunit B 分子量: 51622.680 Da / 分子数: 2 / 変異: C264S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: atpB, TTHA1272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56404
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PEG8000, MPD, MgCl2, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM Q215r / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.93 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	1.000H, 1.000K, L	1	0.845
1	1	-1.000H, -1.000K, L	2	0.155

反射

解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 93409 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -1

反射シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / % possible all: 82.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→19.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.881 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.851 / SU B: 39.135 / SU ML: 0.319 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28105	4990	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24965	-	-	-
obs	0.25122	93409	97.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.853 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16156	0	0	707	16863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	16482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.98	22344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.478	5	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.493	23.579	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.376	15	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.586	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	12540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.606	1.5	10310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.241	2	16644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.765	3	6172
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.704	4.5	5700
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	4477	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	3601	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	4477	tight thermal	0.08	0.5
2	2	B	3601	tight thermal	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	312	-
R_work	0.283	6485	-
obs	-	-	94.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.2753	-3.8002	0.2512	4.4394	0.3525	3.0583	-0.4012	-0.3012	-0.7369	0.1125	0.2509	0.256	0.1267	-0.0807	0.1503	0.2682	-0.098	0.0838	0.3495	-0.0288	0.122	-14.883	95.117	78.233
2	5.9974	-2.1391	-0.399	5.0346	-0.7239	1.178	-0.1832	-0.6502	-0.882	0.1108	0.1799	0.3568	0.3645	0.0559	0.0033	0.3868	-0.0695	0.0159	0.3928	0.1508	0.1982	-19.843	69.623	67.939
3	1.1495	-0.004	0.39	1.0804	0.0057	2.1321	0.0573	0.0266	0.1193	-0.4066	-0.1317	-0.0393	-0.0141	0.1308	0.0745	0.3899	-0.053	0.0758	0.4024	0.0175	0.1994	-11.887	83.496	47.656
4	2.0584	-0.1885	-1.502	1.9073	-0.2091	5.7452	-0.2489	0.1689	0.0131	-0.6133	0.0777	-0.0765	1.0681	-0.0306	0.1712	0.996	0.0532	0.1039	0.3802	-0.0923	0.1486	-8.489	73.229	17.882
5	3.1763	0.8431	1.5336	6.4471	1.0084	2.7654	-0.1404	0.0116	0.2035	0.2787	-0.2455	0.4436	-0.1214	-0.2206	0.3859	0.3179	-0.0659	0.0693	0.3133	-0.122	0.1722	-24.432	118.739	78.77
6	4.5697	-1.3047	2.0371	2.73	-0.4376	3.0091	0.0365	-0.1817	0.4094	-0.2025	-0.065	0.0474	-0.0412	-0.3062	0.0285	0.1964	-0.0172	0.0131	0.2236	-0.0371	0.1417	-33.39	109.635	49.056
7	5.6537	-0.5475	-0.3936	3.7636	0.6946	4.4144	-0.0361	1.6673	-0.5147	-0.4314	-0.0222	-0.13	-0.2066	0.3446	0.0583	0.4844	0.0839	-0.1658	0.9315	-0.2423	0.047	-32.228	102.088	20.284
8	3.5747	-3.6075	-0.6486	10.3047	0.6725	1.5912	-0.2391	-0.2095	0.3007	0.4735	0.2322	-0.5621	-0.0241	0.0062	0.0069	0.2076	-0.0348	-0.1056	0.3813	0.1074	0.2116	-74.771	57.895	74.542
9	2.2078	0.4351	0.7892	4.621	-0.1822	0.5823	0.2087	0.3727	-0.047	0.1189	-0.3008	-0.1704	0.0528	0.0039	0.0921	0.2048	-0.0452	-0.0444	0.4376	0.0325	0.1278	-51.492	69.45	64.225
10	1.3379	0.3822	0.0364	1.2968	0.1262	1.2363	-0.2746	0.1773	-0.1551	-0.2325	0.2682	0.2314	0.152	-0.2296	0.0064	0.3378	-0.0846	-0.0745	0.5764	0.0615	0.2157	-67.387	67.41	43.961
11	1.9835	0.3909	1.6716	0.8272	0.69	7.0715	-0.2933	0.5426	-0.1778	-0.3011	0.0701	0.1935	-0.6172	0.2435	0.2233	0.5576	-0.3622	-0.0358	0.6118	0.0827	0.0819	-61.358	76.402	14.186
12	8.6527	2.1946	-0.9177	4.3338	1.0489	2.4878	-0.0915	-0.6314	-0.5108	0.3589	-0.2752	0.0325	0.4289	0.2952	0.3667	0.3487	0.0139	0.1027	0.3537	0.2117	0.1791	-87.769	36.007	75.082
13	3.5378	-1.6344	-1.7886	5.3143	2.4594	3.3295	-0.4107	-0.1709	-0.4875	-0.0075	0.3627	0.4349	0.2523	0.3586	0.048	0.2552	-0.0568	-0.0046	0.3094	0.1536	0.2399	-75.108	34.369	45.339
14	5.1374	-2.5196	2.9896	5.5134	-1.5615	3.1427	0.9359	0.9123	0.7373	-1.2563	-0.8618	-0.3724	0.3006	0.0245	-0.0741	0.6815	0.127	0.369	0.6407	0.0802	0.2202	-69.771	39.861	16.58

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	189 - 431
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	432 - 578
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	5 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	81 - 360
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	361 - 464
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	1 - 71
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	72 - 188
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	189 - 431
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	432 - 578
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	5 - 80
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	81 - 360
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	361 - 464

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)