登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gpp |
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タイトル | MutM encountering an intrahelical 8-oxoguanine (oxoG) lesion in EC3-T224P complex |
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要素 | - DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*CP*(8OG)P*GP*AP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
- DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*GP*AP*C)-3')
- DNA glycosylase
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キーワード | Lyase/DNA / DNA glycosylase / DNA repair / damage search / base extrusion / disulfide crosslinking / DNA damage / DNA-binding / Glycosidase / Hydrolase / Lyase / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Zinc-finger / Lyase-DNA COMPLEX |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding類似検索 - 分子機能 Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | ![](img/tx_bacteria.gif) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å |
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データ登録者 | Spong, M.C. / Qi, Y. / Verdine, G.L. |
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Encounter and extrusion of an intrahelical lesion by a DNA repair enzyme. 著者: Qi, Y. / Spong, M.C. / Nam, K. / Banerjee, A. / Jiralerspong, S. / Karplus, M. / Verdine, G.L. |
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履歴 | 登録 | 2009年3月23日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2009年11月10日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Advisory / Version format compliance |
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改定 1.2 | 2017年11月1日 | Group: Refinement description / カテゴリ: software |
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改定 1.3 | 2021年10月20日 | Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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改定 1.4 | 2023年9月6日 | Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model |
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