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万見
- PDB-3gp6: Crystal structure of PagP in SDS/MPD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gp6
タイトルCrystal structure of PagP in SDS/MPD
要素Protein pagP
キーワードTRANSFERASE / PALMITOYLTRANSFERASE / BETA-BARREL / OUTER MEMBRANE ENZYME / PagP / SDS / MPD
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid IVA palmitoyltransferase / O-palmitoyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Antimicrobial peptide resistance/lipid A acylation PagP / Antimicrobial peptide resistance and lipid A acylation protein PagP / Porin - #20 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lipid A palmitoyltransferase PagP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Cuesta-Seijo, J.A. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: PagP crystallized from SDS/cosolvent reveals the route for phospholipid access to the hydrocarbon ruler.
著者: Cuesta-Seijo, J.A. / Neale, C. / Khan, M.A. / Moktar, J. / Tran, C.D. / Bishop, R.E. / Pomes, R. / Prive, G.G.
履歴
登録2009年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein pagP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,61125
ポリマ－19,2401
非ポリマー3,37024
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.228, 113.228, 55.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein pagP / Protein crcA


分子量: 19240.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b0622, crcA, JW0617, ybeG / プラスミド: pET21(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37001

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非ポリマー , 6種, 80分子

#2: 化合物
ChemComp-SDS / DODECYL SULFATE / 硫酸ドデシル


分子量: 266.397 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O4S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1M MPD, 0.1M citrate pH 5.6, 1.7M lithium sulphate, 0.3M ammonium sulphate, SDS, Phase separation, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 40433 / Num. obs: 40433 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rsym value: 0.068
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique all: 1633 / Rsym value: 0.531 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1THQ

1thq


解像度: 1.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.009 / SU ML: 0.05 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: Refmac 5
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The author states that the crystallization conditions included large amounts of lithium, but it cannot be confirmed that the ion is lithium ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The author states that the crystallization conditions included large amounts of lithium, but it cannot be confirmed that the ion is lithium based on electron density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20817 1260 3.1 %RANDOM
Rwork0.17147 ---
all0.17259 39132 --
obs0.17259 39132 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.065 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2 Å21.6 Å20 Å2
2--3.2 Å20 Å2
3----4.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.202 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1258 0 209 56 1523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1192.0172146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9633338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0845173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.10822.89969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99115191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.014158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1990.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2911
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2440.260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2420.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7931.5830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7261.5329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.80621295
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1253882
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1344.5841
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.61233632
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.265358
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.63832977
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 91 -
Rwork0.303 2364 -
obs--82.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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