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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gp4
タイトルCrystal structure of putative MerR family transcriptional regulator from listeria monocytogenes
要素Transcriptional regulator, MerR family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / structural genomics / MerR / transcriptional regulator / DNA-binding / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / D-METHIONINE / :
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes str. 4b F2365 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Morano, C. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of putative MerR family transcriptional regulator from Listeria monocytogenes
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Morano, C. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, MerR family
B: Transcriptional regulator, MerR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8426
ポリマ－33,4862
非ポリマー3564
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-28.1 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
2
A: Transcriptional regulator, MerR family
B: Transcriptional regulator, MerR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, MerR family
B: Transcriptional regulator, MerR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, MerR family
B: Transcriptional regulator, MerR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,52718
ポリマ－100,4586
非ポリマー1,06912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area15880 Å2
ΔGint-84.1 kcal/mol
Surface area41970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.647, 80.647, 127.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, MerR family


分子量: 16742.975 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes str. 4b F2365 (バクテリア)
株: F2365, serotype 4b / 遺伝子: LMOf2365_2715 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71W36
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MED / D-METHIONINE / D-メチオニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 20% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月19日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H,K,L10.526
11-H-K,K,-L20.474
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 39943 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 39.409
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.9217.40.77340040.7961100
1.92-1.9918.90.50739650.8321100
1.99-2.0818.90.32439800.9461100
2.08-2.19190.21839820.9771100
2.19-2.33190.16239781.1131100
2.33-2.51190.12540241.1321100
2.51-2.7619.10.09539761.1661100
2.76-3.1619.10.07539831.211100
3.16-3.9918.90.0740131.2261100
3.99-5018.40.0640381.33199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 2.403 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.022 / SU Rfree: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. 3. UNUSUALLY CLOSE (2.45 A) DISTANCE OBSERVED BETWEEN SD ATOMS OF MET A 116 AND MET B 116.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2022 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 39909 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.59 Å2 / Biso mean: 32.001 Å2 / Biso min: 16.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.17 Å20 Å20 Å2
2--7.17 Å20 Å2
3----14.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 22 247 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.9792999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1815266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.01323.443122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.23215433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8741527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8961.51319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54522122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.643915
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3034.5875
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 163 -
Rwork0.23 2785 -
all-2948 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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