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- PDB-3gp2: Calmodulin bound to peptide from calmodulin kinase II (CaMKII) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gp2
タイトルCalmodulin bound to peptide from calmodulin kinase II (CaMKII)
要素
  • Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II delta chain
  • Calmodulin
キーワードmetal binding protein/Transferase / metal binding protein / kinase / ATP-binding / Calmodulin-binding / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / metal binding protein-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of relaxation of cardiac muscle / CH domain binding / regulation of cellular localization / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of membrane depolarization ...regulation of relaxation of cardiac muscle / CH domain binding / regulation of cellular localization / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of membrane depolarization / regulation of the force of heart contraction / sodium channel inhibitor activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / Trafficking of AMPA receptors / cardiac muscle cell contraction / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / relaxation of cardiac muscle / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / regulation of heart contraction / regulation of cardiac muscle cell action potential / myosin binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Phase 0 - rapid depolarisation / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / regulation of heart rate by cardiac conduction / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Ion homeostasis / titin binding / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / cellular response to calcium ion / regulation of cell growth / peptidyl-threonine phosphorylation / RAF activation / sarcolemma / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Interferon gamma signaling / disordered domain specific binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / endocytic vesicle membrane / RAF/MAP kinase cascade / peptidyl-serine phosphorylation / transmembrane transporter binding / protein autophosphorylation / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / : / NTF2-like domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / : / NTF2-like domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Ng, H.L. / Alber, T.A. / Wand, A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Calmodulin bound to peptide from calmodulin kinase II (CaMKII)
著者: Ng, H.L. / Alber, T.A. / Wand, A.J.
履歴
登録2009年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II delta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9446
ポリマ－18,7842
非ポリマー1604
水3,603200
1
A: Calmodulin
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II delta chain
ヘテロ分子

A: Calmodulin
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II delta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,88812
ポリマ－37,5684
非ポリマー3218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8320 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.599, 38.409, 75.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 16592.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CALM, CAM, RCJMB04_24e7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62149
#2: タンパク質・ペプチド Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II delta chain / CaM-kinase II delta chain / CaM kinase II subunit delta / CaMK-II subunit delta


分子量: 2191.664 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 294-311 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q13557, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→25.08 Å / Num. obs: 28224 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.46→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→25.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.503 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19218 1427 5.1 %RANDOM
Rwork0.15964 ---
obs0.16138 26767 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20.52 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→25.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1305 0 4 200 1509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.9761802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41332229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9475164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.78426.16473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24615268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.671158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3240.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1191.5826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0311.5341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.13921328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3493520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2644.5474
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.15732251
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.0683205
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.56732238
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 95 -
Rwork0.383 1845 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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