THE BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS A AND B, DNA STRANDS C AND D. THE TETRAMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE DIMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA.
モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 84393 / Num. obs: 84393 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 16.62
反射 シェル
解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.57 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 99.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
MxCuBE
データ収集
SHELXCD
位相決定
SHELXD
位相決定
SHELXE
モデル構築
ARP/wARP
モデル構築
REFMAC
5.2.0019
精密化
XDS
データ削減
XSCALE
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: Program CNS (AUTHORS: BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN) has been used for DNA refinement. No sugar pucker constraints ...詳細: Program CNS (AUTHORS: BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN) has been used for DNA refinement. No sugar pucker constraints have been applied. Hydrogens have been added in the riding positions. TLS refinement has been used.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.18639
4298
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.16873
-
-
-
obs
0.16964
84392
99.64 %
-
all
-
84392
-
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK