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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wt0 | ||||||
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Title | Crystal Structure Analysis of Cell Division Protein | ||||||
![]() | Cell division protein FtsA | ||||||
![]() | CELL CYCLE / Hydrolase | ||||||
Function / homology | ![]() FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / cytoplasmic side of plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kato, K. / Ishido, T. / Matsui, T. / Yao, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure Analysis of Cell Division Protein Authors: Kato, K. / Ishido, T. / Matsui, T. / Yao, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 602.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 494.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 84.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1e4fS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44772.746 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: N-terminal Domain, UNP RESIDUES 1-384 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ATP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 20% PEG 4000, 0.1M MES, 0.6M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96433 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→45 Å / Num. all: 116528 / Num. obs: 115953 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique all: 18693 / % possible all: 97.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1E4F Resolution: 2→44.537 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→44.537 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 17.0978 Å / Origin y: -14.5466 Å / Origin z: 28.8878 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ALL |