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- PDB-3god: Structural basis for DNase activity of a conserved protein implic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3god
タイトルStructural basis for DNase activity of a conserved protein implicated in CRISPR-mediated antiviral defense
要素Cas1
キーワードIMMUNE SYSTEM / CRISPR / CRISPR-associated Cas1 / metallonuclease / DNase / prokaryotic immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Wiedenheft, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for DNase Activity of a Conserved Protein Implicated in CRISPR-Mediated Genome Defense.
著者: Wiedenheft, B. / Zhou, K. / Jinek, M. / Coyle, S.M. / Ma, W. / Doudna, J.A.
履歴
登録2009年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cas1
B: Cas1
C: Cas1
D: Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,09812
ポリマ－146,7524
非ポリマー3468
水12,358686
1
A: Cas1
C: Cas1
ヘテロ分子

B: Cas1
D: Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,09812
ポリマ－146,7524
非ポリマー3468
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
Buried area10760 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area50040 Å2
手法PISA
2
A: Cas1
C: Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5496
ポリマ－73,3762
非ポリマー1734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA
3
B: Cas1
D: Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5496
ポリマ－73,3762
非ポリマー1734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.870, 110.960, 130.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cas1


分子量: 36687.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_33350 / プラスミド: pHMGWA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02ML7
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 250 mM CaCl2, 50 mM HEPES pH 7.6, 10% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97856,1.884244
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月31日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978561
21.8842441
反射解像度: 2.17→17.974 Å / Num. all: 162701 / Num. obs: 162078 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.055 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 7.96
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Rsym value: 0.733 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.17→17.974 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 8115 5.01 %
Rwork0.203 --
obs0.206 161987 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.356 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.39 Å2 / Biso mean: 31.93 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.896 Å20 Å2-0 Å2
2--6.715 Å20 Å2
3----7.612 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→17.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9748 0 8 686 10442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0179944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64313464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2853588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1051481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081761
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.19460.3442200.29745160X-RAY DIFFRACTION100
2.1946-2.22040.28372880.26165107X-RAY DIFFRACTION100
2.2204-2.24740.31042530.2675153X-RAY DIFFRACTION100
2.2474-2.27580.32982480.26495151X-RAY DIFFRACTION100
2.2758-2.30570.29432520.24145176X-RAY DIFFRACTION100
2.3057-2.33720.26862770.22995179X-RAY DIFFRACTION100
2.3372-2.37050.28212990.23525064X-RAY DIFFRACTION100
2.3705-2.40580.32063370.2375070X-RAY DIFFRACTION100
2.4058-2.44340.28622620.23355140X-RAY DIFFRACTION100
2.4434-2.48330.30432470.23035165X-RAY DIFFRACTION100
2.4833-2.5260.2722360.21955152X-RAY DIFFRACTION100
2.526-2.57180.27472550.21565138X-RAY DIFFRACTION100
2.5718-2.62110.27983020.22035098X-RAY DIFFRACTION100
2.6211-2.67450.26172640.21755167X-RAY DIFFRACTION100
2.6745-2.73240.26352590.20055134X-RAY DIFFRACTION100
2.7324-2.79580.272790.20475124X-RAY DIFFRACTION100
2.7958-2.86540.26243050.20545074X-RAY DIFFRACTION100
2.8654-2.94260.26442880.20815168X-RAY DIFFRACTION100
2.9426-3.02880.27673150.2035035X-RAY DIFFRACTION100
3.0288-3.1260.24162590.18095170X-RAY DIFFRACTION100
3.126-3.23710.25752600.19115116X-RAY DIFFRACTION100
3.2371-3.36590.28512650.20075126X-RAY DIFFRACTION100
3.3659-3.5180.24292750.1855122X-RAY DIFFRACTION100
3.518-3.7020.21492890.17365142X-RAY DIFFRACTION100
3.702-3.93170.22752300.17385134X-RAY DIFFRACTION100
3.9317-4.23160.26342490.17655178X-RAY DIFFRACTION100
4.2316-4.65070.22242930.16655071X-RAY DIFFRACTION100
4.6507-5.30850.22392660.17495124X-RAY DIFFRACTION100
5.3085-6.63180.23962910.20415119X-RAY DIFFRACTION100
6.6318-17.97460.20912520.17695115X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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