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- PDB-3go5: Crystal structure of a multidomain protein with nucleic acid bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3go5
タイトルCrystal structure of a multidomain protein with nucleic acid binding domains (sp_0946) from streptococcus pneumoniae tigr4 at 1.40 A resolution
要素Multidomain protein with S1 RNA-binding domains
キーワードGENE REGULATION / S1 rna-binding domain / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #330 / Conserved virulence factor B / Conserved virulence factor B, S1 domain / Conserved virulence factor B-like, winged helix domain / : / : / S1 domain / CvfB-like winged helix domain / CvfB first S1-like domain / Virulence regulatory factor CvfB, second domain ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #330 / Conserved virulence factor B / Conserved virulence factor B, S1 domain / Conserved virulence factor B-like, winged helix domain / : / : / S1 domain / CvfB-like winged helix domain / CvfB first S1-like domain / Virulence regulatory factor CvfB, second domain / Nucleic acid-binding proteins / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S1 motif domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structure of a virulence regulatory factor CvfB reveals a novel winged helix RNA binding module.
著者: Matsumoto, Y. / Xu, Q. / Miyazaki, S. / Kaito, C. / Farr, C.L. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S. ...著者: Matsumoto, Y. / Xu, Q. / Miyazaki, S. / Kaito, C. / Farr, C.L. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Sekimizu, K. / Wilson, I.A.
履歴
登録2009年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidomain protein with S1 RNA-binding domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,54612
ポリマ－32,8901
非ポリマー65611
水11,638646
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.560, 62.560, 160.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

21A-658-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Multidomain protein with S1 RNA-binding domains


分子量: 32890.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: NP_345429.1, SP_0946 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q97R81, UniProt: A0A0H2UPM3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND .
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NANODROP, 0.3640M Ammonium dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97839 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97839 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.136 Å / Num. obs: 72475 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 14.189 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.450.9791.76869913414196.7
1.45-1.510.7112.57863614175199.9
1.51-1.580.5083.57821513994199.9
1.58-1.660.3644.97439413233199.9
1.66-1.760.2576.875650133841100
1.76-1.90.16310.38104014280199.9
1.9-2.090.107157779513759199.9
2.09-2.390.07719.97798713719199.9
2.39-3.010.056258033913874199.9
3.01-29.1360.04233.28071913898199.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→29.136 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.771 / SU ML: 0.032 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. ETHYLENE GLYCOL (EDO) AND CHLORIDE (CL) FROM THE CRYOPROTECTANT/CRYSTALLIZATION CONDITIONS ARE MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 3649 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.155 72406 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.41 Å2 / Biso mean: 14.826 Å2 / Biso min: 3.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 0 41 646 2977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.9833605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85734743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.925353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.4624.453137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.64115518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5221521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.24331540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3393626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1352520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.70781118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.724111053
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 251 -
Rwork0.298 4927 -
all-5178 -
obs--98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51160.40020.28191.06670.42151.5437-0.0098-0.00660.0529-0.0549-0.01190.0024-0.0995-0.02440.02170.0160.0092-0.0020.0074-0.00340.008842.847427.7831-6.845
20.4685-0.01690.2130.4367-0.03820.4310.0240.00660.0137-0.03040.0055-0.0095-0.0138-0.0196-0.02940.00690.00160.00460.00170.00250.004649.259631.899314.7732
30.7913-0.3109-0.04840.6941-0.23720.3741-0.0677-0.0549-0.05430.0420.07010.01240.0162-0.0316-0.00240.01060.00570.00490.00880.00380.004853.167315.396429.8029
40.36850.28580.01740.53070.25520.6045-0.0764-0.01230.06160.01470.04040.01950.01940.04840.0360.03660.013-0.02270.0101-0.00660.023172.6686-8.564637.6993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2A64 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3A135 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4A217 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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