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- PDB-3go0: Crystal structure of D-enantiomer of human alpha-defensin 1 (D-HNP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3go0
タイトルCrystal structure of D-enantiomer of human alpha-defensin 1 (D-HNP1)
要素Neutrophil defensin 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide / D-enantiomer of human alpha defensin 1 / D-enantiomer of human neutrophil peptide 1 / D-HNP1
機能・相同性polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Pazgier, M. / Lu, W.-Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Through the looking glass, mechanistic insights from enantiomeric human defensins.
著者: Wei, G. / de Leeuw, E. / Pazgier, M. / Yuan, W. / Zou, G. / Wang, J. / Ericksen, B. / Lu, W.Y. / Lehrer, R.I. / Lu, W.
履歴
登録2009年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32018年2月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil defensin 1
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0115
ポリマ－6,9042
非ポリマー1063
水1,11762
1
A: Neutrophil defensin 1
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子

A: Neutrophil defensin 1
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,02110
ポリマ－13,8084
非ポリマー2136
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area7620 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area4200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.277, 31.098, 40.281
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DAL / Beg label comp-ID: DAL / End auth comp-ID: DCY / End label comp-ID: DCY / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 30 / Label seq-ID: 1 - 30

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: Polypeptide(D) Neutrophil defensin 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / Defensin / alpha 1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2


分子量: 3452.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D-enantiomer / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE L-FORM SEQUENCE IS UNP ENTRY P59665 AND INCLUDES RESIDUES ...THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE L-FORM SEQUENCE IS UNP ENTRY P59665 AND INCLUDES RESIDUES 65-94. THE SEQUENCE TRANSLATES TO L-PROTEIN AS FOLLOWS ACYCRIPACIAGERRYGTCIYQGRLWAFCC.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月12日 / 詳細: confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→40.281 Å / Num. all: 8495 / Num. obs: 8404 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.112
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 339 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GNY

3gny


解像度: 1.56→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.191 / SU ML: 0.051 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES, RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 390 4.7 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 7988 99.01 %-
all-8378 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.72 Å2 / Biso mean: 16.886 Å2 / Biso min: 9.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数476 0 3 62 541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7822.469644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg20.279554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6051.5292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0452452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4443192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3344.5192
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 238 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.545
LOOSE THERMAL2.0610
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.603 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 36 -
Rwork0.22 559 -
all-595 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76030.3749-0.24392.8341-0.07291.41010.0404-0.02750.0755-0.0151-0.0173-0.0094-0.12610.0623-0.02310.0974-0.0036-0.00620.1052-0.00250.1227-14.5948.3882-14.0998
22.6096-0.7679-0.00692.44550.58632.9536-0.031-0.09730.07490.18730.0309-0.11410.04040.24250.00010.10150.0006-0.01170.11890.00390.1096-11.0741-1.2174-5.8351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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