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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gnt | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Staphylococcus aureus Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (FabI) in apo form (two molecules in AU) | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Enoyl reductase / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NADP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Priyadarshi, A. / Hwang, K.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2010 タイトル: Structural insights into Staphylococcus aureus enoyl-ACP reductase (FabI), in complex with NADP and triclosan. 著者: Priyadarshi, A. / Kim, E.E. / Hwang, K.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gnt.cif.gz | 91.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gnt.ent.gz | 70.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gnt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3gnt_validation.pdf.gz | 443.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3gnt_full_validation.pdf.gz | 535.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3gnt_validation.xml.gz | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3gnt_validation.cif.gz | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/3gnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/3gnt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28024.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MRSA252 / 遺伝子: fabI / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6GI75, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.0, 4% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 11436 / Num. obs: 10886 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 635 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 47 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PD3 解像度: 2.75→34.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 13.349 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.972 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→34.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.752→2.823 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 20
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