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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gns | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Staphylococcus aureus Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (FabI) in apo form (one molecule in AU) | ||||||
![]() | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Enoyl reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NADP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Priyadarshi, A. / Hwang, K.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into Staphylococcus aureus enoyl-ACP reductase (FabI), in complex with NADP and triclosan 著者: Priyadarshi, A. / Kim, E.E. / Hwang, K.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28351.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MRSA252 / 遺伝子: fabI / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6GI75, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10~15% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.3~8.5, 4% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月8日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 7634 / Num. obs: 7261 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.28 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Num. unique all: 451 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 56 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PD3 解像度: 2.706→37.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 17.01 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.191 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.514 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.706→37.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.706→2.775 Å / Total num. of bins used: 20
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