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- PDB-3gnj: The crystal structure of a thioredoxin-related protein from Desul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gnj
タイトルThe crystal structure of a thioredoxin-related protein from Desulfitobacterium hafniense DCB
要素Thioredoxin domain protein
キーワードstructural genomics / unknown function / APC92103 / thioredoxin / Desulfitobacterium hafniense DCB / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Tan, K. / Volkart, L. / Gu, M. / Kinney, J.N. / Babnigg, G. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a thioredoxin-related protein from Desulfitobacterium hafniense DCB
著者: Tan, K. / Volkart, L. / Gu, M. / Kinney, J.N. / Babnigg, G. / Kerfeld, C. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin domain protein
B: Thioredoxin domain protein
C: Thioredoxin domain protein
D: Thioredoxin domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5094
ポリマ－52,5094
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Thioredoxin domain protein

B: Thioredoxin domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2542
ポリマ－26,2542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area1570 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
2
C: Thioredoxin domain protein

D: Thioredoxin domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2542
ポリマ－26,2542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_647-x+1,y-1/2,-z+21
Buried area1550 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
3
A: Thioredoxin domain protein
B: Thioredoxin domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2542
ポリマ－26,2542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Thioredoxin domain protein
D: Thioredoxin domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2542
ポリマ－26,2542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.167, 66.341, 70.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Experimentally unknown. It is predicted that the chains A and B, C and D form dimers respectively.

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要素

#1: タンパク質
Thioredoxin domain protein


分子量: 13127.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)
株: DCB / 遺伝子: Desulfitobacterium hafniense, Dhaf_4889 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: B8G0E7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.23 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG400 0.1M MES, 0.1M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921, 0.97942
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979421
反射解像度: 1.99→26 Å / Num. all: 26104 / Num. obs: 26104 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.99→25.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 12.343 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26605 1322 5.1 %RANDOM
Rwork0.19605 ---
obs0.19949 24697 98.39 %-
all-24698 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.23 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→25.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3592 0 0 90 3682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.9754989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9915450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.20725.911203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.22615707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6461513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8611.52204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58823560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9531502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2844.51423
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.986→2.037 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 87 -
Rwork0.252 1601 -
obs--86.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.72491.156-0.37014.8884-0.04113.10560.0808-0.2251-0.21610.1533-0.1576-0.0750.0270.07620.07680.0869-0.017-0.0140.06430.01280.012514.33333.59837.507
24.97950.0650.89773.78280.07271.84330.3155-0.01660.3201-0.0749-0.2425-0.40510.13110.1258-0.0730.0976-0.01240.01310.06310.01920.158230.02251.59834.192
34.19661.5598-0.04125.324-0.28992.8695-0.0114-0.17080.01210.3323-0.1579-0.11740.06840.04230.16930.0843-0.0087-0.03780.04980.00460.03274.73836.70971.096
45.21640.39890.71323.5580.20811.8740.16640.0711-0.1831-0.07030.0235-0.64420.00890.2205-0.18980.05620.0006-0.02740.0619-0.01870.178420.57554.50667.531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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