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万見
- PDB-3gn9: Crystal structure of the major pseudopilin from the type 2 secret... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gn9
タイトルCrystal structure of the major pseudopilin from the type 2 secretion system of Vibrio vulnificus
要素Type II secretory pathway, pseudopilin EpsG
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GENERAL SECRETORY PATHWAY / MAJOR PILIN / COMPLEX / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspG / Type II secretion system protein GspG, C-terminal / Type II secretion system (T2SS), protein G / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Type II secretion system core protein G / Type II secretion system core protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Gray, M.D. / Kreger, A. / Turley, S. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Calcium is essential for the major pseudopilin in the type 2 secretion system.
著者: Korotkov, K.V. / Gray, M.D. / Kreger, A. / Turley, S. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsG
B: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsG
C: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1468
ポリマ－37,7573
非ポリマー3885
水4,792266
1
A: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7603
ポリマ－12,5861
非ポリマー1742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6262
ポリマ－12,5861
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Type II secretory pathway, pseudopilin EpsG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7603
ポリマ－12,5861
非ポリマー1742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.180, 104.510, 55.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THIS CRYSTAL FORM CONTAINS THREE MONOMERS, THAT ARE NOT RELATED TO THE BIOLOGICAL FORM. THE BIOLOGICAL UNIT IS A FIBER. IT IS UNKNOWN AT THE MOMENT HOW INDIVIDUAL SUBUNITS ARE ASSEMBLED IN VIVO.

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要素

#1: タンパク質 Type II secretory pathway, pseudopilin EpsG


分子量: 12585.797 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 26-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: MO6-24 / 遺伝子: EPSG, VV1_0874 / プラスミド: pCDF-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DDT3, UniProt: A0A3Q0L2Q1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.95M DL-Malic acid pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月3日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→38.9 Å / Num. all: 90808 / Num. obs: 78730 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 38.722 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.86-1.910.4861.7119255544181.5
1.91-1.960.3142.6116375365182.1
1.96-2.020.2423.3113925260183.3
2.02-2.080.1814.3111335154183.3
2.08-2.150.1415.4109235083184.6
2.15-2.220.116.7105834956185.4
2.22-2.310.0957.9100794738184.9
2.31-2.40.06810.299204679186.5
2.4-2.510.0541394484475186.9
2.51-2.630.0441591054336188.2
2.63-2.770.03718.486854159188.6
2.77-2.940.0323.282143971189.1
2.94-3.140.02328.576833729189.9
3.14-3.40.0231.571193478190.7
3.4-3.720.01936.766093266190.3
3.72-4.160.01840.559242951192.1
4.16-4.80.01741.653592686193
4.8-5.880.01641.244732259194.4
5.88-8.320.0174234461748194.3
8.32-38.90.01643.11699893187.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 38.73 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å35.47 Å
Translation2.5 Å35.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FU1

1fu1


解像度: 1.86→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.203 / WRfactor Rwork: 0.178 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.821 / SU B: 7.356 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.105 / SU Rfree: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 3. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 2272 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.179 45957 --
obs0.179 44693 97.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.27 Å2 / Biso mean: 34.969 Å2 / Biso min: 13.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å22.55 Å2
2---3.27 Å20 Å2
3---4.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2597 0 21 266 2884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.9743700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84534502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5725350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70426.62142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91115456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.258159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5711.51685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1511.5693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03922698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74931037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7394.5993
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 173 -
Rwork0.305 3090 -
all-3263 -
obs--95.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.50323.76351.22865.89150.49821.5945-0.01850.07090.2121-0.15960.02890.56040.2648-0.2334-0.01050.134-0.0509-0.02670.07220.00570.0591-17.524-8.618-4.399
25.11123.64952.05936.73141.95624.0987-0.18770.40690.1296-0.69940.12810.5420.3564-0.4020.05950.1977-0.0862-0.05670.1484-0.0050.0608-21.091-12.94-11.244
36.7081-3.40140.24793.67570.22061.52730.03920.1230.3996-0.1198-0.2103-0.0095-0.2793-0.27550.1710.09110.0589-0.05110.0584-0.03480.2106-18.2617.968-2.929
49.5988-3.3725-0.00494.46760.71741.7650.06840.2626-0.372-0.2159-0.20020.7985-0.1278-0.48760.13170.15770.0884-0.05840.1663-0.03820.3187-27.05817.466-2.779
51.6571-0.73960.35923.2774-1.85726.21490.13250.58580.4469-0.6909-0.036-0.07450.1486-0.2889-0.09660.22710.04320.03440.26530.1920.1414-4.5947.675-23.415
616.4988.963-5.476912.5642-8.184212.559-0.01660.3662-0.1096-1.2180.46120.48880.0931-2.1731-0.44460.76680.3202-0.19831.00570.27470.345-15.59113.534-33.465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3B27 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4B79 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5C27 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6C116 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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