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- PDB-3gla: Crystal Structure of the hspA from Xanthomonas axonopodis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gla
タイトルCrystal Structure of the hspA from Xanthomonas axonopodis
要素Low molecular weight heat shock protein
キーワードCHAPERONE / hspA / shp / shsp / Xanthomonas axonopodis / high resolution / Stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Low molecular weight heat shock protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Hilario, E. / Medrano, F.J. / Bertolini, M.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of XAC1151, a small heat-shock protein from Xanthomonas axonopodis pv. citri belonging to the alpha-crystallin family
著者: Hilario, E. / Teixeira, E.C. / Pedroso, G.A. / Bertolini, M.C. / Medrano, F.J.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight heat shock protein
B: Low molecular weight heat shock protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8114
ポリマ－22,6212
非ポリマー1902
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.674, 128.674, 55.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Low molecular weight heat shock protein


分子量: 11310.709 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-139 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
遺伝子: hspA / プラスミド: pET28a-hspA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8PNC2
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Tris HCl, 1.2 M (NH4)2HPO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→26.973 Å / Num. obs: 41715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.051
反射 シェル解像度: 1.64→1.71 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.476

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.12 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.97 Å
Translation2.5 Å26.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GME

1gme


解像度: 1.64→26.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / WRfactor Rwork: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.898 / SU B: 1.219 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rwork0.184 --
obs0.184 41710 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.29 Å2 / Biso mean: 25.833 Å2 / Biso min: 9.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→26.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1576 0 10 300 1886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.0221613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.2211.9652172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3145194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.0422285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32715287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.451525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0211245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9621.5975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.33421576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0363638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.2794.5596
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.684 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.524 3081 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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