PDB-3gl5: Crystal structure of probable DsbA oxidoreductase SCO1869 from St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gl5

タイトル

Crystal structure of probable DsbA oxidoreductase SCO1869 from Streptomyces coelicolor

要素

Putative DsbA oxidoreductase SCO1869

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Streptomyces coelicolor A3(2) / probable DsbA oxidoreductase SCO1869 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor A3

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of probable DsbA oxidoreductase SCO1869 from Streptomyces coelicolor
著者: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gl5.cif.gz	61.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gl5.ent.gz	49.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gl5_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gl5_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	3gl5_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	3gl5_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/3gl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/3gl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zkq-d 6f57-2 4l4y-d 3shv-d 6f7f-d 5u3n-d 4nb4-4 7a1c-d 7a11-d 5lxc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC40006

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative DsbA oxidoreductase SCO1869

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative DsbA oxidoreductase SCO1869

ヘテロ分子

A: Putative DsbA oxidoreductase SCO1869

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.360, 60.360, 132.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-323- HOH

#1: タンパク質	Putative DsbA oxidoreductase SCO1869 分子量: 26151.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) 株: A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO1869, SCI39.16c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q93RV7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-tris pH 6.5, 0.2M Na Acetate, 30% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 14088 / Num. obs: 14072 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 54.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.17 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 7.58 / Num. unique all: 333 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 15.405 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24632	695	5 %	RANDOM
R_work	0.20015	-	-	-
all	0.2024	13376	-	-
obs	0.2024	13376	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.312 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1795	0	5	144	1944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.946	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.647	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.847	23.491	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.484	15	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.478	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	1.5	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.272	2	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.285	3	725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.687	4.5	708
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	47	-
R_work	0.251	943	-
obs	-	990	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1974	0.2339	0.2453	4.3382	-0.8821	0.5282	-0.0902	-0.3782	-0.0446	0.0522	0.0384	-0.1078	-0.0383	0.014	0.0519	0.0153	0.0487	0.0082	0.2276	0.048	0.0166	39.0773	-5.2186	74.4081
2	1.8613	-0.6796	-0.8672	5.4199	2.1136	4.4541	-0.0234	-0.1385	0.2586	-0.8718	0.1604	0.2131	-0.5433	0.0219	-0.1371	0.2	-0.0197	-0.0865	0.0652	0.036	0.134	35.0377	14.636	60.2997
3	2.4581	-1.5086	1.8105	3.6703	-4.2043	7.4151	0.2231	-0.0569	0.0979	-0.2122	0.146	0.3987	-0.0087	-0.5274	-0.3691	0.0716	0.0782	-0.0138	0.1638	0.0004	0.0831	26.3169	12.6578	75.8654
4	2.7544	-0.3299	-1.4869	2.1787	0.3074	4.5677	-0.1658	-0.2829	0.1835	-0.1853	0.2656	-0.2581	-0.13	0.6982	-0.0998	0.0428	-0.023	0.0089	0.2005	-0.0545	0.0403	47.6005	9.3913	67.451
5	7.9615	1.9845	1.2777	2.2292	3.3628	5.8122	-0.0857	-0.0465	-0.4886	0.1145	0.1131	-0.1501	0.3791	0.2233	-0.0274	0.1319	0.0308	0.0479	0.0269	0.0094	0.0694	41.5212	-4.0782	56.75
6	1.521	2.701	-1.1007	5.5037	-1.0751	2.0106	-0.0565	-0.1611	0.0539	-0.0883	-0.2921	0.4451	0.1496	-0.081	0.3486	0.0406	-0.0403	0.0011	0.2734	0.0793	0.2107	32.9239	-11.9066	73.4281
7	5.5216	-4.9002	-5.2841	5.3195	3.4224	10.0721	-0.1264	-0.0141	-0.5755	0.0748	0.034	0.449	0.7293	-0.4376	0.0924	0.0985	-0.0703	-0.0775	0.0546	0.0629	0.1694	42.5849	-29.9045	67.3728

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	56 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	92 - 163
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	164 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	177 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	212 - 220

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