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- PDB-3gjd: Crystal Structure of LeuT with bound OG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gjd
タイトルCrystal Structure of LeuT with bound OG
要素Transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transmembrane transport / neurotransmitter:sodium symport / Sodium-coupled transport / NSS / aminoacid transport / Symport / Transmembrane / Transport
機能・相同性Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / LEUCINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Winther, A.M.L. / Quick, M. / Javitch, J.A. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Binding of an octylglucoside detergent molecule in the second substrate (S2) site of LeuT establishes an inhibitor-bound conformation
著者: Quick, M. / Winther, A.M.L. / Shi, L. / Nissen, P. / Weinstein, H. / Javitch, J.A.
履歴
登録2009年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,57811
ポリマ－57,6111
非ポリマー1,96710
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Transporter
ヘテロ分子

A: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,15522
ポリマ－115,2222
非ポリマー3,93420
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area7010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area38760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.510, 86.570, 81.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 A

#1: タンパク質 Transporter / LeuT


分子量: 57610.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: snf, aq_2077 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O67854
#5: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 102分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 150mM NaCl, 100mM Hepes, 23% PEG 550 MME, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年3月2日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 39607 / Num. obs: 39607 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 30.25 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.75 / Num. unique all: 5328 / Rsym value: 0.644 / % possible all: 96.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A65

2a65


解像度: 2→29.553 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.01 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.28 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Phenix_refine
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 2000 5.05 %Random
Rwork0.169 ---
obs0.171 39602 97.02 %-
all-40838 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 75.308 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.61 Å2 / Biso mean: 40.304 Å2 / Biso min: 16.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.343 Å2-0 Å2-4.178 Å2
2---5.766 Å2-0 Å2
3----2.679 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 121 98 4263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9195823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005695
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2891544
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.2511430.2132686282996
2.05-2.1050.2391390.1922623276296
2.105-2.1670.2171410.1672638277996
2.167-2.2370.21410.1572664280597
2.237-2.3170.2151410.1562659280097
2.317-2.410.2061440.1482681282597
2.41-2.520.181410.1512681282297
2.52-2.6520.2161440.1552690283497
2.652-2.8180.2071430.1542682282597
2.818-3.0360.2231420.1562695283797
3.036-3.3410.1951440.1642688283297
3.341-3.8230.191450.1572717286298
3.823-4.8140.1711440.1642724286898
4.814-29.5570.1881480.1852774292298
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.3589 Å / Origin y: 29.735 Å / Origin z: 21.6284 Å
111213212223313233
T0.1743 Å20.0242 Å20.0124 Å2-0.1848 Å20.0055 Å2--0.1818 Å2
L0.6985 °2-0.179 °20.1302 °2-0.7723 °20.1747 °2--0.8123 °2
S-0.0656 Å °0.0538 Å °-0.0071 Å °0.0041 Å °0.0165 Å °0.0898 Å °-0.0417 Å °-0.0414 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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