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万見
- PDB-3giy: Crystal Structures of the G81A Mutant of the Active Chimera of (S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3giy
タイトルCrystal Structures of the G81A Mutant of the Active Chimera of (S)-Mandelate Dehydrogenase and its Complex with Two of its Substrates
要素(S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-mandelate dehydrogenase / (S)-mandelate dehydrogenase activity / oxidative photosynthetic carbon pathway / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / mandelate catabolic process / response to other organism / peroxisome / FMN binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Glycolate oxidase / (S)-mandelate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / refined directly / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sukumar, N. / Dewanti, A. / Merli, A. / Rossi, G.L. / Mitra, B. / Mathews, F.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structures of the G81A mutant form of the active chimera of (S)-mandelate dehydrogenase and its complex with two of its substrates.
著者: Sukumar, N. / Dewanti, A. / Merli, A. / Rossi, G.L. / Mitra, B. / Mathews, F.S.
履歴
登録2009年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Advisory / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7983
ポリマ－42,1461
非ポリマー6522
水5,116284
1
A: (S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase
ヘテロ分子

A: (S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase
ヘテロ分子

A: (S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase
ヘテロ分子

A: (S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,19212
ポリマ－168,5854
非ポリマー2,6068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area15730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area50710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.360, 99.360, 87.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 (S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase / L(+)-mandelate dehydrogenase / MDH / Glycolate oxidase


分子量: 42146.297 Da / 分子数: 1 / 変異: G81A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア), (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20932, UniProt: P05414, (S)-mandelate dehydrogenase, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS BELIEVE THAT UNP ENTRY P20932 INCORRECTLY LISTS RESIDUE 15 AS ARG INSTEAD OF ALA. ...THE AUTHORS BELIEVE THAT UNP ENTRY P20932 INCORRECTLY LISTS RESIDUE 15 AS ARG INSTEAD OF ALA. SEQUENCING OF (S)-MANDELATE DEHYDROGENASE HAS REPEATEDLY CONFIRMED THAT IT IS ALA 15 RATHER THAN ARG 15

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 200mM MES,0.75% ammonium sulfate, 10% ethylene glycol, 20 uM FMN and 4M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月20日
放射モノクロメーター: APS BIOCARS 14_BM_C / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 56124 / Num. obs: 53598 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3730 / % possible all: 66.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: refined directly
開始モデル: PDB ENTRY 2A7N

2a7n


解像度: 1.6→27.4 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 2470 -RANDOM
Rwork0.134 ---
all-56002 --
obs-51143 91.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2752 0 43 284 3079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3874 246 -
Rwork0.3844 --
obs-6487 66.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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