PDB-3gi7: Crystal structure of a duf1311 family protein (pp0307) from pseud...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gi7

タイトル

Crystal structure of a duf1311 family protein (pp0307) from pseudomonas putida kt2440 at 1.85 A resolution

要素

Secreted protein of unknown function DUF1311

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Secreted protein / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #180 / Lysozyme inhibitor LprI, N-terminal / Lysozyme inhibitor LprI / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Unknown ligand / Lysozyme inhibitor LprI-like N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of secreted protein of unknown function (DUF1311) (NP_742474.1) from Pseudomonas putida KT2440 at 1.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gi7.cif.gz	63 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gi7.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gi7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/3gi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/3gi7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5w3n-d 1xn0-1 3oed-2 1x0a-d 1vbi-d 3oed-1 4z8u-d 4azl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 365921

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Secreted protein of unknown function DUF1311

B: Secreted protein of unknown function DUF1311

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Secreted protein of unknown function DUF1311

B: Secreted protein of unknown function DUF1311

ヘテロ分子

A: Secreted protein of unknown function DUF1311

B: Secreted protein of unknown function DUF1311

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.027, 100.027, 58.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 143
2	1	1	5	B	1 - 143

#1: タンパク質	Secreted protein of unknown function DUF1311 分子量: 13800.419 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: NP_742474.1, PP0307, PP_0307 / プラスミド: SpeedETS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q88R27
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-143) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-143) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.67 詳細: NANODROP, 2.10M Ammonium sulfate, 0.250M Potassium sodium tartrate, 0.1M Sodium citrate - citric acid pH 5.67, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97964, 0.97949

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月19日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97964	1
3	0.97949	1

反射

解像度: 1.85→29.173 Å / Num. obs: 25875 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.628 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.07 / R_sym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 7.149 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.85-1.9	7.3	0.692	2.7	13774	1880	0.692	100
1.9-1.95	7.3	0.573	1.4	13349	1818	0.573	100
1.95-2.01	7.4	0.371	2.1	13157	1788	0.371	100
2.01-2.07	7.3	0.283	2.7	12704	1739	0.283	100
2.07-2.14	7.3	0.227	3.4	12299	1674	0.227	100
2.14-2.21	7.3	0.176	4.3	11818	1615	0.176	100
2.21-2.29	7.3	0.134	5.6	11622	1588	0.134	100
2.29-2.39	7.3	0.107	6.8	11085	1513	0.107	100
2.39-2.49	7.3	0.099	7.2	10597	1453	0.099	100
2.49-2.62	7.3	0.088	7.3	10241	1404	0.088	100
2.62-2.76	7.3	0.084	7.7	9751	1336	0.084	100
2.76-2.93	7.3	0.079	7.7	9217	1269	0.079	100
2.93-3.13	7.2	0.067	8.6	8650	1200	0.067	100
3.13-3.38	7.3	0.056	10.5	8028	1107	0.056	100
3.38-3.7	7.2	0.046	12.6	7453	1039	0.046	100
3.7-4.14	7.2	0.041	14.2	6844	957	0.041	100
4.14-4.78	7	0.048	12.5	5889	837	0.048	100
4.78-5.85	6.9	0.048	12.1	4988	727	0.048	100
5.85-8.27	6.6	0.037	16	3879	587	0.037	100
8.27-29.173	5.7	0.034	17.6	1960	344	0.034	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.173 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 4.871 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	1314	5.1 %	RANDOM
R_work	0.178	24513	-	-
obs	0.179	25827	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.78 Å² / B_iso mean: 25.285 Å² / B_iso min: 5.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1561	0	33	174	1768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	1.944	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.178	3.003	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.235	5	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.536	24.364	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.441	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.668	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.798	3	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.717	3	433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.862	5	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.423	8	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.981	11	699

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
580	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
755	LOOSE POSITIONAL	0.62	5
580	MEDIUM THERMAL	1.21	2
755	LOOSE THERMAL	1.32	10

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	106	-
R_work	0.279	1771	-
all	-	1877	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4365	0.5577	-0.9196	1.2344	-0.3369	1.3459	0.013	-0.1054	0.0262	0.176	0.0322	-0.2417	0.0182	-0.0662	-0.0452	0.0406	0.0176	-0.0348	0.0586	-0.007	0.0694	35.5657	25.2998	6.9905
2	2.6925	1.1379	-0.7163	2.0696	-0.52	1.6707	0.0049	0.0622	-0.1867	-0.089	0.1081	-0.0761	0.0112	-0.0875	-0.113	0.0344	0.0097	0.0148	0.0151	0.01	0.0391	26.2733	10.9451	-0.8596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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