PDB-3ghq: Crystal Structure of E. coli W35F BFR mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ghq

タイトル

Crystal Structure of E. coli W35F BFR mutant

要素

Bacterioferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / BFR / W35F / Heme / Iron / Iron storage

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Crow, A. / Lawson, T.L. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Monitoring the iron status of the ferroxidase center of Escherichia coli bacterioferritin using fluorescence spectroscopy.
著者: Lawson, T.L. / Crow, A. / Lewin, A. / Yasmin, S. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2009年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ghq.cif.gz	409 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ghq.ent.gz	337 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ghq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ghq_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ghq_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3ghq_validation.xml.gz	78.3 KB	表示
CIF形式データ	3ghq_validation.cif.gz	98.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/3ghq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/3ghq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1qC 3e1jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p8k-1 3e1m-1 3isf-1 1bcf-1 3e1p-1 3e1q-1 2htn-1 2vxi-1 5d8o-1 3e1j-1 4tod-d 3ise-d 2y3q-1 1nfv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

228 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
456 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.641, 207.641, 142.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
2	1	1	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
3	1	1	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
4	1	1	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
5	1	1	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
6	1	1	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
7	1	1	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
8	1	1	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
9	1	1	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
10	1	1	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	1	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	1	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	1	FE	FE	FE	FE	A	N	300
2	2	1	FE	FE	FE	FE	B	S	300
3	2	1	FE	FE	FE	FE	C	V	300
4	2	1	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
5	2	1	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
6	2	1	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
7	2	1	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
8	2	1	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
9	2	1	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
10	2	1	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	1	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	1	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	2	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
2	1	2	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	2	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
4	1	2	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
5	1	2	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
6	1	2	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
7	1	2	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
8	1	2	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
9	1	2	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
10	1	2	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	2	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	2	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	2	FE	FE	FE	FE	B	S	300
2	2	2	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	2	FE	FE	FE	FE	C	V	300
4	2	2	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
5	2	2	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
6	2	2	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
7	2	2	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
8	2	2	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
9	2	2	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
10	2	2	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	2	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	2	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	3	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
2	1	3	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	3	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	3	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
5	1	3	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
6	1	3	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
7	1	3	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
8	1	3	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
9	1	3	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
10	1	3	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	3	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	3	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	3	FE	FE	FE	FE	C	V	300
2	2	3	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	3	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	3	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
5	2	3	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
6	2	3	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
7	2	3	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
8	2	3	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
9	2	3	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
10	2	3	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	3	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	3	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	4	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
2	1	4	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	4	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	4	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	4	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
6	1	4	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
7	1	4	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
8	1	4	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
9	1	4	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
10	1	4	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	4	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	4	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	4	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
2	2	4	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	4	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	4	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	4	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
6	2	4	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
7	2	4	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
8	2	4	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
9	2	4	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
10	2	4	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	4	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	4	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	5	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
2	1	5	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	5	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	5	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	5	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
6	1	5	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
7	1	5	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
8	1	5	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
9	1	5	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
10	1	5	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	5	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	5	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	5	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
2	2	5	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	5	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	5	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	5	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
6	2	5	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
7	2	5	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
8	2	5	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
9	2	5	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
10	2	5	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	5	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	5	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	6	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
2	1	6	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	6	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	6	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	6	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
6	1	6	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
7	1	6	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
8	1	6	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
9	1	6	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
10	1	6	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	6	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	6	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	6	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
2	2	6	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	6	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	6	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	6	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
6	2	6	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
7	2	6	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
8	2	6	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
9	2	6	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
10	2	6	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	6	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	6	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	7	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
2	1	7	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	7	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	7	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	7	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
6	1	7	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
7	1	7	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
8	1	7	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
9	1	7	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
10	1	7	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	7	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	7	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	7	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
2	2	7	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	7	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	7	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	7	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
6	2	7	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
7	2	7	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
8	2	7	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
9	2	7	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
10	2	7	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	7	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	7	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	8	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
2	1	8	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	8	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	8	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	8	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
6	1	8	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
7	1	8	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
8	1	8	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
9	1	8	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
10	1	8	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	8	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	8	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	8	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
2	2	8	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	8	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	8	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	8	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
6	2	8	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
7	2	8	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
8	2	8	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
9	2	8	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
10	2	8	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	8	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	8	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	9	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
2	1	9	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	9	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	9	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	9	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
6	1	9	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
7	1	9	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
8	1	9	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
9	1	9	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
10	1	9	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
11	1	9	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	9	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	9	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
2	2	9	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	9	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	9	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	9	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
6	2	9	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
7	2	9	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
8	2	9	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
9	2	9	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
10	2	9	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
11	2	9	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	9	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	10	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
2	1	10	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	10	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	10	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	10	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
6	1	10	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
7	1	10	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
8	1	10	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
9	1	10	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
10	1	10	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
11	1	10	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
12	1	10	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	10	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
2	2	10	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	10	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	10	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	10	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
6	2	10	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
7	2	10	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
8	2	10	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
9	2	10	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
10	2	10	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
11	2	10	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
12	2	10	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	11	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
2	1	11	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	11	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	11	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	11	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
6	1	11	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
7	1	11	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
8	1	11	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
9	1	11	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
10	1	11	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
11	1	11	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
12	1	11	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
1	2	11	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
2	2	11	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	11	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	11	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	11	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
6	2	11	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
7	2	11	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
8	2	11	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
9	2	11	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
10	2	11	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
11	2	11	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
12	2	11	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
1	1	12	MET	MET	GLY	GLY	L	L	1 - 158	1 - 158
2	1	12	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 158	1 - 158
3	1	12	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 158	1 - 158
4	1	12	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 158	1 - 158
5	1	12	MET	MET	GLY	GLY	D	D	1 - 158	1 - 158
6	1	12	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 158	1 - 158
7	1	12	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 158	1 - 158
8	1	12	MET	MET	GLY	GLY	G	G	1 - 158	1 - 158
9	1	12	MET	MET	GLY	GLY	H	H	1 - 158	1 - 158
10	1	12	MET	MET	GLY	GLY	I	I	1 - 158	1 - 158
11	1	12	MET	MET	GLY	GLY	J	J	1 - 158	1 - 158
12	1	12	MET	MET	GLY	GLY	K	K	1 - 158	1 - 158
1	2	12	FE	FE	FE	FE	L	YA	300
2	2	12	FE	FE	FE	FE	A	N	300
3	2	12	FE	FE	FE	FE	B	S	300
4	2	12	FE	FE	FE	FE	C	V	300
5	2	12	FE	FE	FE	FE	D	Z	300
6	2	12	FE	FE	FE	FE	E	BA	300
7	2	12	FE	FE	FE	FE	F	EA	300
8	2	12	FE	FE	FE	FE	G	IA	300
9	2	12	FE	FE	FE	FE	H	NA	300
10	2	12	FE	FE	FE	FE	I	PA	300
11	2	12	FE	FE	FE	FE	J	SA	300
12	2	12	FE	FE	FE	FE	K	UA	300
1	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	A	O	200
2	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	D	X	200
3	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	F	CA	200
4	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	G	JA	200
5	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	I	QA	200
6	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	L	WA	200
1	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	D	X	200
2	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	A	O	200
3	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	F	CA	200
4	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	G	JA	200
5	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	I	QA	200
6	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	L	WA	200
1	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	F	CA	200
2	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	A	O	200
3	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	D	X	200
4	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	G	JA	200
5	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	I	QA	200
6	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	L	WA	200
1	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	G	JA	200
2	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	A	O	200
3	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	D	X	200
4	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	F	CA	200
5	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	I	QA	200
6	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	L	WA	200
1	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	I	QA	200
2	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	A	O	200
3	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	D	X	200
4	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	F	CA	200
5	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	G	JA	200
6	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	L	WA	200
1	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	L	WA	200
2	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	A	O	200
3	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	D	X	200
4	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	F	CA	200
5	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	G	JA	200
6	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	I	QA	200

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Bacterioferritin / BFR / Cytochrome b-1 / Cytochrome b-557 分子量: 18478.979 Da / 分子数: 12 / 変異: W35F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: b3336, bfr, JW3298 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABD3
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.47 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 5 詳細: 2.45M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium Citrate pH 5.0, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.7429 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7429 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→35 Å / Num. all: 81605 / Num. obs: 81605 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.4 % / R_sym value: 0.146 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.469 / % possible all: 76.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3E1J

3e1j

解像度: 2.7→34.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 10.647 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.866 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26169	4090	5 %	RANDOM
R_work	0.24326	-	-	-
obs	0.24419	77457	95.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.481 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15876	0	375	536	16787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	16524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.554	2.026	22338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.645	5	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.038	24.805	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.1	15	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.965	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	8328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	11199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.014	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.754	1.5	9828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.206	2	15240
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.172	3	7527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.497	4.5	7074
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1324	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	1324	tight positional	0.01	0.05
1	3	C	1324	tight positional	0.01	0.05
1	4	D	1324	tight positional	0.01	0.05
1	5	E	1324	tight positional	0.01	0.05
1	6	F	1324	tight positional	0.01	0.05
1	7	G	1324	tight positional	0.01	0.05
1	8	H	1324	tight positional	0.01	0.05
1	9	I	1324	tight positional	0.01	0.05
1	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
1	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
1	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
2	1	B	1324	tight positional	0.01	0.05
2	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	1324	tight positional	0.01	0.05
2	4	D	1324	tight positional	0.01	0.05
2	5	E	1324	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	1324	tight positional	0.01	0.05
2	7	G	1324	tight positional	0.01	0.05
2	8	H	1324	tight positional	0.01	0.05
2	9	I	1324	tight positional	0.01	0.05
2	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
2	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
2	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
3	1	C	1324	tight positional	0.01	0.05
3	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
3	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
3	4	D	1324	tight positional	0.01	0.05
3	5	E	1324	tight positional	0.01	0.05
3	6	F	1324	tight positional	0.01	0.05
3	7	G	1324	tight positional	0.01	0.05
3	8	H	1324	tight positional	0.01	0.05
3	9	I	1324	tight positional	0.01	0.05
3	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
3	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
3	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
4	1	D	1324	tight positional	0.01	0.05
4	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
4	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
4	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
4	5	E	1324	tight positional	0.01	0.05
4	6	F	1324	tight positional	0.01	0.05
4	7	G	1324	tight positional	0.01	0.05
4	8	H	1324	tight positional	0.01	0.05
4	9	I	1324	tight positional	0.01	0.05
4	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
4	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
4	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
5	1	E	1324	tight positional	0.01	0.05
5	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
5	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
5	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
5	5	D	1324	tight positional	0.01	0.05
5	6	F	1324	tight positional	0.01	0.05
5	7	G	1324	tight positional	0.01	0.05
5	8	H	1324	tight positional	0.01	0.05
5	9	I	1324	tight positional	0.01	0.05
5	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
5	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
5	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
6	1	F	1324	tight positional	0.01	0.05
6	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
6	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
6	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
6	5	D	1324	tight positional	0.01	0.05
6	6	E	1324	tight positional	0.01	0.05
6	7	G	1324	tight positional	0.01	0.05
6	8	H	1324	tight positional	0.01	0.05
6	9	I	1324	tight positional	0.01	0.05
6	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
6	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
6	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
7	1	G	1324	tight positional	0.01	0.05
7	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
7	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
7	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
7	5	D	1324	tight positional	0.01	0.05
7	6	E	1324	tight positional	0.01	0.05
7	7	F	1324	tight positional	0.01	0.05
7	8	H	1324	tight positional	0.01	0.05
7	9	I	1324	tight positional	0.01	0.05
7	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
7	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
7	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
8	1	H	1324	tight positional	0.01	0.05
8	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
8	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
8	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
8	5	D	1324	tight positional	0.01	0.05
8	6	E	1324	tight positional	0.01	0.05
8	7	F	1324	tight positional	0.01	0.05
8	8	G	1324	tight positional	0.01	0.05
8	9	I	1324	tight positional	0.01	0.05
8	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
8	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
8	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
9	1	I	1324	tight positional	0.01	0.05
9	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
9	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
9	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
9	5	D	1324	tight positional	0.01	0.05
9	6	E	1324	tight positional	0.01	0.05
9	7	F	1324	tight positional	0.01	0.05
9	8	G	1324	tight positional	0.01	0.05
9	9	H	1324	tight positional	0.01	0.05
9	10	J	1324	tight positional	0.01	0.05
9	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
9	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
10	1	J	1324	tight positional	0.01	0.05
10	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
10	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
10	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
10	5	D	1324	tight positional	0.01	0.05
10	6	E	1324	tight positional	0.01	0.05
10	7	F	1324	tight positional	0.01	0.05
10	8	G	1324	tight positional	0.01	0.05
10	9	H	1324	tight positional	0.01	0.05
10	10	I	1324	tight positional	0.01	0.05
10	11	K	1324	tight positional	0.01	0.05
10	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
11	1	K	1324	tight positional	0.01	0.05
11	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
11	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
11	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
11	5	D	1324	tight positional	0.01	0.05
11	6	E	1324	tight positional	0.01	0.05
11	7	F	1324	tight positional	0.01	0.05
11	8	G	1324	tight positional	0.01	0.05
11	9	H	1324	tight positional	0.01	0.05
11	10	I	1324	tight positional	0.01	0.05
11	11	J	1324	tight positional	0.01	0.05
11	12	L	1324	tight positional	0.01	0.05
12	1	L	1324	tight positional	0.01	0.05
12	2	A	1324	tight positional	0.01	0.05
12	3	B	1324	tight positional	0.01	0.05
12	4	C	1324	tight positional	0.01	0.05
12	5	D	1324	tight positional	0.01	0.05
12	6	E	1324	tight positional	0.01	0.05
12	7	F	1324	tight positional	0.01	0.05
12	8	G	1324	tight positional	0.01	0.05
12	9	H	1324	tight positional	0.01	0.05
12	10	I	1324	tight positional	0.01	0.05
12	11	J	1324	tight positional	0.01	0.05
12	12	K	1324	tight positional	0.01	0.05
13	1	B	43	tight positional	0	0.05
13	2	D	43	tight positional	0	0.05
13	3	F	43	tight positional	0	0.05
13	4	H	43	tight positional	0	0.05
13	5	J	43	tight positional	0	0.05
13	6	L	43	tight positional	0.01	0.05
14	1	D	43	tight positional	0	0.05
14	2	B	43	tight positional	0	0.05
14	3	F	43	tight positional	0	0.05
14	4	H	43	tight positional	0	0.05
14	5	J	43	tight positional	0	0.05
14	6	L	43	tight positional	0.01	0.05
15	1	F	43	tight positional	0	0.05
15	2	B	43	tight positional	0	0.05
15	3	D	43	tight positional	0	0.05
15	4	H	43	tight positional	0	0.05
15	5	J	43	tight positional	0	0.05
15	6	L	43	tight positional	0.01	0.05
16	1	H	43	tight positional	0	0.05
16	2	B	43	tight positional	0	0.05
16	3	D	43	tight positional	0	0.05
16	4	F	43	tight positional	0	0.05
16	5	J	43	tight positional	0	0.05
16	6	L	43	tight positional	0.01	0.05
17	1	J	43	tight positional	0	0.05
17	2	B	43	tight positional	0	0.05
17	3	D	43	tight positional	0	0.05
17	4	F	43	tight positional	0	0.05
17	5	H	43	tight positional	0	0.05
17	6	L	43	tight positional	0.01	0.05
18	1	L	43	tight positional	0.01	0.05
18	2	B	43	tight positional	0	0.05
18	3	D	43	tight positional	0	0.05
18	4	F	43	tight positional	0	0.05
18	5	H	43	tight positional	0	0.05
18	6	J	43	tight positional	0	0.05
1	1	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	2	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	3	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	4	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	5	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	6	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	7	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	8	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	9	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
1	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	1	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	3	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	4	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	5	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	6	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	7	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	8	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	9	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
2	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	1	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	4	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	5	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	6	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	7	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	8	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	9	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
3	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	1	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	5	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	6	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	7	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	8	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	9	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
4	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	1	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	5	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	6	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	7	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	8	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	9	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
5	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	1	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	5	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	6	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	7	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	8	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	9	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
6	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	1	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	5	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	6	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	7	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	8	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	9	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
7	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	1	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	5	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	6	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	7	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	8	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	9	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
8	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	1	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	5	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	6	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	7	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	8	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	9	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	10	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
9	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	1	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	5	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	6	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	7	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	8	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	9	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	10	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	11	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
10	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	1	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	5	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	6	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	7	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	8	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	9	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	10	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	11	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
11	12	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	1	L	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	2	A	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	3	B	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	4	C	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	5	D	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	6	E	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	7	F	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	8	G	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	9	H	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	10	I	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	11	J	1324	tight thermal	0.01	0.5
12	12	K	1324	tight thermal	0.01	0.5
13	1	B	43	tight thermal	0.01	0.5
13	2	D	43	tight thermal	0.01	0.5
13	3	F	43	tight thermal	0.01	0.5
13	4	H	43	tight thermal	0.01	0.5
13	5	J	43	tight thermal	0.01	0.5
13	6	L	43	tight thermal	0.01	0.5
14	1	D	43	tight thermal	0.01	0.5
14	2	B	43	tight thermal	0.01	0.5
14	3	F	43	tight thermal	0.01	0.5
14	4	H	43	tight thermal	0.01	0.5
14	5	J	43	tight thermal	0.01	0.5
14	6	L	43	tight thermal	0.01	0.5
15	1	F	43	tight thermal	0.01	0.5
15	2	B	43	tight thermal	0.01	0.5
15	3	D	43	tight thermal	0.01	0.5
15	4	H	43	tight thermal	0.01	0.5
15	5	J	43	tight thermal	0.01	0.5
15	6	L	43	tight thermal	0.01	0.5
16	1	H	43	tight thermal	0.01	0.5
16	2	B	43	tight thermal	0.01	0.5
16	3	D	43	tight thermal	0.01	0.5
16	4	F	43	tight thermal	0.01	0.5
16	5	J	43	tight thermal	0.01	0.5
16	6	L	43	tight thermal	0.01	0.5
17	1	J	43	tight thermal	0.01	0.5
17	2	B	43	tight thermal	0.01	0.5
17	3	D	43	tight thermal	0.01	0.5
17	4	F	43	tight thermal	0.01	0.5
17	5	H	43	tight thermal	0.01	0.5
17	6	L	43	tight thermal	0.01	0.5
18	1	L	43	tight thermal	0.01	0.5
18	2	B	43	tight thermal	0.01	0.5
18	3	D	43	tight thermal	0.01	0.5
18	4	F	43	tight thermal	0.01	0.5
18	5	H	43	tight thermal	0.01	0.5
18	6	J	43	tight thermal	0.01	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	227	-
R_work	0.382	4260	-
obs	-	-	72.39 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)