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万見
- PDB-3ghj: Crystal structure from the mobile metagenome of Halifax Harbour S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ghj
タイトルCrystal structure from the mobile metagenome of Halifax Harbour Sewage Outfall: Integron Cassette Protein HFX_CASS4
要素Putative integron gene cassette protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Integron Cassette Protein / Mobile Metagenome / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative integron gene cassette protein
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.471 Å
データ登録者Sureshan, V. / Deshpande, C. / Harrop, S.J. / Kudritska, M. / Koenig, J.E. / Evdokimova, E. / Kim, Y. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. ...Sureshan, V. / Deshpande, C. / Harrop, S.J. / Kudritska, M. / Koenig, J.E. / Evdokimova, E. / Kim, Y. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Doolittle, W.F. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure from the mobile metagenome of Halifax Harbour Sewage Outfall: Integron Cassette Protein HFX_CASS4
著者: Sureshan, V. / Deshpande, C. / Harrop, S.J. / Kudritska, M. / Koenig, J.E. / Evdokimova, E. / Kim, Y. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Doolittle, W.F. / Stokes, H.W. / ...著者: Sureshan, V. / Deshpande, C. / Harrop, S.J. / Kudritska, M. / Koenig, J.E. / Evdokimova, E. / Kim, Y. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Doolittle, W.F. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2009年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative integron gene cassette protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3331
ポリマ－16,3331
非ポリマー00
水1,22568
1
A: Putative integron gene cassette protein

A: Putative integron gene cassette protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6662
ポリマ－32,6662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area3550 Å2
ΔGint-22.5 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.001, 66.391, 80.822
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-125-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative integron gene cassette protein


分子量: 16332.780 Da / 分子数: 1 / 変異: L97Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: p15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: B0BGV9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.094 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 25% PEG 4000, 0.1 M Na acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 23542 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 13.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.524 / Net I/σ(I): 37.28
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 4.07 / Num. unique all: 1127 / Rsym value: 0.344 / Χ2: 0.605 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.471→24.319 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.919 / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 1969 8.48 %random
Rwork0.168 ---
all0.169 23217 --
obs0.169 23217 98.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.531 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 66.91 Å2 / Biso mean: 17.906 Å2 / Biso min: 6.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.377 Å2-0 Å20 Å2
2---1.749 Å2-0 Å2
3---1.372 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.471→24.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1054 0 0 68 1122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0741502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.148405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.471-1.5080.1871340.1391447158195
1.508-1.5490.1611360.1151487162397
1.549-1.5940.1531350.1171469160497
1.594-1.6460.1641400.1191480162098
1.646-1.7050.1461380.1251494163297
1.705-1.7730.1911380.1321488162698
1.773-1.8540.1521390.1371507164698
1.854-1.9510.1691410.141524166599
1.951-2.0730.1671420.14115401682100
2.073-2.2330.1541430.14715381681100
2.233-2.4580.1811440.1681556170099
2.458-2.8130.211420.1781532167499
2.813-3.5430.1921460.191562170899
3.543-24.3220.1971510.1941624177598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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