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- PDB-3ghd: Crystal structure of a cystathionine beta-synthase domain protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ghd
タイトルCrystal structure of a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain
要素a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain
キーワードNucleotide binding protein / Metal binding protein / PF1953 / APC40009 / cystathionine beta-synthase domain protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / METAL BINDIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Archaeal CBS protein, (ACP)-type metal binding domain / Archaeal CBS proteins (ACP)-type metal binding (MB) domain profile. / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / : / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. ...Archaeal CBS protein, (ACP)-type metal binding domain / Archaeal CBS proteins (ACP)-type metal binding (MB) domain profile. / CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / : / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase related protein II
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Dong, A. / Xu, X. / Chruszcz, M. / Brown, G. / Proudfoot, M. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Savchenko, A. / Yaleunin, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain
著者: Dong, A. / Xu, X. / Chruszcz, M. / Brown, G. / Proudfoot, M. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Savchenko, A. / Yaleunin, A.
履歴
登録2009年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年3月31日ID: 3FIO
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain
B: a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4942
ポリマ－15,4942
非ポリマー00
水2,018112
1
A: a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain
B: a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain

A: a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain
B: a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9874
ポリマ－30,9874
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
3
B: a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain

B: a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4942
ポリマ－15,4942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.153, 73.162, 35.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

-
要素

#1: タンパク質 a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain


分子量: 7746.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / プラスミド: PET DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)DERIVATIVE / 参照: UniProt: Q8TZN4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY IN SITU PROTEOLYSIS METHOD AND THE EXACT ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY IN SITU PROTEOLYSIS METHOD AND THE EXACT SEQUENCE WENT INTO THE CRYSTAL WAS NOT DETERMINED. THE PROTEIN WAS MIXED WITH 100:1(W/W) WITH CHYMOTRYPSIN IMMEDIATELY PRIOR TO CRYSTALLIZATION TRIAL. THE FULL SEQUENCE BEFORE PROTEOLYSIS WAS MGSSHHHHHHSSGRENLYFQGMAQKILVEQVVKRKAIVVQPKDTVDRVAKILSRNKAG SAVVMEGDEILGVVTERDILDKVVAKGKNPKEVKVEEIMTKNPVKIEYDYDIEDVIEL MTEKGVRRVLVTKFGKPIGFVTAADILAALASHNHEEEEEEREEESEVYGICEVCGQY GALYKVYHEGRELWVCETCKDLIEGR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium Chloride,20%PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: unsupported-m300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 11994 / Num. obs: 11994 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 5.84 / Num. unique all: 798 / Rsym value: 0.202 / % possible all: 61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.5.0062精密化
Coot0.3.3モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.81→31.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.635 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOMIC B-FACTORS ARE RESIDUALS FROM TLS REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24108 596 5 %RANDOM
Rwork0.19229 ---
all0.19455 11368 --
obs0.19455 11368 89.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.171 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→31.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1027 0 0 112 1139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.80721393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05631724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.745138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.85228.12532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.52815206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.451153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8531.5696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2711.5280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37521137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6773335
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2934.5256
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 755 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.340.5
medium thermal0.862
LS精密化 シェル解像度: 1.805→1.852 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 31 -
Rwork0.196 535 -
obs--58.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35790.623-1.31320.733-0.41094.28750.1162-0.06970.29150.04230.06920.0717-0.2888-0.5035-0.18550.13780.09450.00740.1288-0.00860.170236.5249.31914.28
21.6668-0.8807-0.91621.3447-0.05061.92160.03510.11520.3333-0.00110.0622-0.0517-0.2702-0.1477-0.09730.1256-0.0040.00920.02770.02960.146151.3148.48-2.343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2B14 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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