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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ghd | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain | |||||||||
![]() | a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain | |||||||||
![]() | Nucleotide binding protein / Metal binding protein / PF1953 / APC40009 / cystathionine beta-synthase domain protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / METAL BINDIN | |||||||||
機能・相同性 | CBS domain Like - #20 / CBS domain Like / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase related protein II![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dong, A. / Xu, X. / Chruszcz, M. / Brown, G. / Proudfoot, M. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Savchenko, A. / Yaleunin, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a cystathionine beta-synthase domain protein fused to a Zn-ribbon-like domain 著者: Dong, A. / Xu, X. / Chruszcz, M. / Brown, G. / Proudfoot, M. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Savchenko, A. / Yaleunin, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 414.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 414.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7746.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY IN SITU PROTEOLYSIS METHOD AND THE EXACT ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZ | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Ammonium Chloride,20%PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: unsupported-m300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97941 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 11994 / Num. obs: 11994 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 5.84 / Num. unique all: 798 / Rsym value: 0.202 / % possible all: 61 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOMIC B-FACTORS ARE RESIDUALS FROM TLS REFINEMENT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.171 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→31.77 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 755 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.805→1.852 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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