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万見
- PDB-3gh8: Crystal structure of Mus musculus iodotyrosine deiodinase (IYD) b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gh8
タイトルCrystal structure of Mus musculus iodotyrosine deiodinase (IYD) bound to FMN and di-iodotyrosine (DIT)
要素Iodotyrosine dehalogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / IYD / iodide salvage / flavoprotein / di-iodotyrosine / DIT / FMN / Membrane / NADP / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Thyroxine biosynthesis / iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / tyrosine metabolic process / thyroid hormone metabolic process / cytoplasmic vesicle membrane / FMN binding / oxidoreductase activity / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / 3,5-DIIODOTYROSINE / Iodotyrosine deiodinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Thomas, S.R. / McTamney, P.M. / Adler, J.M. / LaRonde-LeBlanc, N. / Rokita, S.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of iodotyrosine deiodinase, a novel flavoprotein responsible for iodide salvage in thyroid glands.
著者: Thomas, S.R. / McTamney, P.M. / Adler, J.M. / Laronde-Leblanc, N. / Rokita, S.E.
履歴
登録2009年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iodotyrosine dehalogenase 1
B: Iodotyrosine dehalogenase 1
C: Iodotyrosine dehalogenase 1
D: Iodotyrosine dehalogenase 1
E: Iodotyrosine dehalogenase 1
F: Iodotyrosine dehalogenase 1
G: Iodotyrosine dehalogenase 1
H: Iodotyrosine dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,20426
ポリマ－239,8998
非ポリマー7,30518
水5,405300
1
A: Iodotyrosine dehalogenase 1
B: Iodotyrosine dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7536
ポリマ－59,9752
非ポリマー1,7794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-58.9 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
C: Iodotyrosine dehalogenase 1
D: Iodotyrosine dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8487
ポリマ－59,9752
非ポリマー1,8745
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10250 Å2
ΔGint-57.7 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
3
E: Iodotyrosine dehalogenase 1
F: Iodotyrosine dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7536
ポリマ－59,9752
非ポリマー1,7794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10120 Å2
ΔGint-59.6 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
4
G: Iodotyrosine dehalogenase 1
H: Iodotyrosine dehalogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8487
ポリマ－59,9752
非ポリマー1,8745
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-59.9 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.610, 112.567, 189.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Iodotyrosine dehalogenase 1 / IYD-1


分子量: 29987.398 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 34-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dehal1, Iyd / プラスミド: pFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9DCX8
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-TYI / 3,5-DIIODOTYROSINE / 3,5-ジヨ-ド-L-チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 432.982 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9I2NO3 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 45% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 62935 / Num. obs: 62878 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5984 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GB5

3gb5


解像度: 2.61→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.028 / SU ML: 0.266 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 9.88 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The chirality errors and angles outside Ramachandran plot are due to poor density in flexible regions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3202 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.185 ---
obs0.185 62878 96.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.41 Å2 / Biso mean: 35.532 Å2 / Biso min: 8.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å2-0.16 Å2
2---4.05 Å20 Å2
3---5.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14232 0 378 300 14910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02214942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.99920278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3651756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10422.958622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.523152708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.87715120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.22276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.27345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.210127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.58961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.502214496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33836915
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6934.55782
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 210 -
Rwork0.274 4034 -
all-4244 -
obs-4034 88.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5962-0.2301-0.17072.3901-0.11230.73120.02260.0640.0399-0.33860.03040.2127-0.1382-0.1063-0.053-0.0177-0.0018-0.0403-0.09050.0157-0.086-5.71543.029299.8262
20.54490.02730.00692.4472-0.52560.8646-0.0458-0.1103-0.0762-0.10120.0417-0.12840.10430.0770.004-0.0654-0.00420.0281-0.089-0.0147-0.0562.119-12.1064107.0563
31.3235-0.5121-0.20152.81390.44450.4344-0.00180.1664-0.24210.0406-0.10590.36980.0145-0.05950.1077-0.13770-0.0004-0.0773-0.04410.009513.9248-1.796846.3137
40.9971-0.2758-0.38262.4470.81240.97210.0568-0.14920.15330.26090.0202-0.1864-0.03270.122-0.077-0.066-0.0117-0.0405-0.0615-0.0357-0.099721.57312.289355.6683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 254
2X-RAY DIFFRACTION2B36 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3C36 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4D39 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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