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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gh8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mus musculus iodotyrosine deiodinase (IYD) bound to FMN and di-iodotyrosine (DIT) | ||||||
![]() | Iodotyrosine dehalogenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / IYD / iodide salvage / flavoprotein / di-iodotyrosine / DIT / FMN / Membrane / NADP / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() Thyroxine biosynthesis / iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / tyrosine metabolic process / thyroid hormone metabolic process / cytoplasmic vesicle membrane / FMN binding / oxidoreductase activity / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thomas, S.R. / McTamney, P.M. / Adler, J.M. / LaRonde-LeBlanc, N. / Rokita, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of iodotyrosine deiodinase, a novel flavoprotein responsible for iodide salvage in thyroid glands. 著者: Thomas, S.R. / McTamney, P.M. / Adler, J.M. / Laronde-Leblanc, N. / Rokita, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 374.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 305.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29987.398 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 34-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9DCX8 #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | ChemComp-TYI / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 45% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 62935 / Num. obs: 62878 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5984 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 92.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3GB5 解像度: 2.61→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.028 / SU ML: 0.266 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 9.88 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The chirality errors and angles outside Ramachandran plot are due to poor density in flexible regions.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.41 Å2 / Biso mean: 35.532 Å2 / Biso min: 8.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.61→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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