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- PDB-3ggy: Crystal Structure of S.cerevisiae Ist1 N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ggy
タイトルCrystal Structure of S.cerevisiae Ist1 N-terminal domain
要素Increased sodium tolerance protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ENDOCYTOSIS / ESCRT-III like / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / endosome to plasma membrane protein transport / ATPase inhibitor activity / Neutrophil degranulation / intracellular protein localization / endosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein IST1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Xiao, J. / Xu, Z.
引用ジャーナル: MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL / 年: 2009
タイトル: Structural basis of Ist1 function and Ist1-Did2 interaction in the multivesicular body pathway and cytokinesis.
著者: Xiao, J. / Chen, X.W. / Davies, B.A. / Saltiel, A.R. / Katzmann, D.J. / Xu, Z.
履歴
登録2009年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Increased sodium tolerance protein 1
B: Increased sodium tolerance protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7602
ポリマ－44,7602
非ポリマー00
水8,143452
1
A: Increased sodium tolerance protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3801
ポリマ－22,3801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Increased sodium tolerance protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3801
ポリマ－22,3801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.845, 44.172, 66.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Increased sodium tolerance protein 1


分子量: 22380.164 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-193 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IST1, N0809, YNL265C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53843
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG 3000, NaAc, MgCl2, Glycine, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 30.26 / 数: 121168 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.09 / D res high: 2.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19282 / % possible obs: 96.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.735091.810.0343.0566
6.147.7394.710.0471.2776.4
5.366.1495.410.0511.236.4
4.875.3695.710.0431.2066.4
4.524.8795.910.0421.2026.3
4.264.5295.810.0441.3736.3
4.044.2696.810.051.1136.4
3.874.0496.910.0551.1096.4
3.723.8797.410.0621.0466.3
3.593.729710.0731.026.3
3.483.5997.710.081.0286.3
3.383.4897.510.090.9546.3
3.293.389810.0970.8666.3
3.213.299810.1070.8066.3
3.143.2198.310.1190.8086.2
3.073.1498.110.1320.7776.3
3.013.0798.410.1330.7436.2
2.953.0198.210.1540.7436.3
2.92.9598.610.1570.7426.1
2.852.998.910.1770.6866.2
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 43548 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 30.261
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.733.40.20420760.67195.1
1.73-1.763.50.19521050.68295.8
1.76-1.793.60.17821130.70498.2
1.79-1.833.70.16121800.75298.6
1.83-1.873.80.14521400.75798.8
1.87-1.913.80.13122030.76398.9
1.91-1.963.80.11721400.79599.4
1.96-2.023.80.10121850.91298.7
2.02-2.073.80.08721481.002100
2.07-2.143.80.07721731.04299
2.14-2.223.80.06621951.05799.3
2.22-2.313.80.0622011.072100
2.31-2.413.80.05321821.06299.5
2.41-2.543.80.04721820.99799.7
2.54-2.73.80.04722061.15699.8
2.7-2.913.80.04922131.44499.9
2.91-3.23.80.0422031.37799.7
3.2-3.663.70.03222181.42999.8
3.66-4.613.70.02422111.38499
4.61-503.60.02622741.07498.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SHARP位相決定
精密化解像度: 1.7→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.822 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2158 4.9 %
Rwork0.226 --
obs-43503 98.9 %
溶媒の処理Bsol: 49.512 Å2
原子変位パラメータBiso max: 58.64 Å2 / Biso mean: 23.471 Å2 / Biso min: 5.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.052 Å20 Å2-5.29 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---2.842 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 0 452 3492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.971
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.4622
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.8112.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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