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- PDB-3ggq: Dimerization of Hepatitis E Virus Capsid Protein E2s Domain is Es... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ggq
タイトルDimerization of Hepatitis E Virus Capsid Protein E2s Domain is Essential for Virus-Host Interaction
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / BETA BARREL / Capsid protein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Structural protein 2 second domain / Structural protein 2 C-terminal domain / Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus genotype 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, S.W. / Tang, X.H. / Seetharaman, J. / Yang, C.Y. / Gu, Y. / Zhang, J. / Du, H.L. / Shih, J.W.K. / Hew, C.L. / Sivaraman, J. / Xia, N.S.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Dimerization of hepatitis E virus capsid protein E2s domain is essential for virus-host interaction
著者: Li, S. / Tang, X. / Seetharaman, J. / Yang, C. / Gu, Y. / Zhang, J. / Du, H. / Shih, J.W. / Hew, C.L. / Sivaraman, J. / Xia, N.
履歴
登録2009年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0394
ポリマ－15,8001
非ポリマー2403
水4,396244
1
A: Capsid protein
ヘテロ分子

A: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0798
ポリマ－31,5992
非ポリマー4796
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area3100 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.448, 111.448, 84.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein / Protein ORF2 / pORF2 / Capsid Protein E2s Domain


分子量: 15799.662 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 455-602 / 変異: Y532H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis E virus genotype 1 (ウイルス)
遺伝子: ORF2 / プラスミド: pTO-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P33426
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, pH7.5, 12% PEG3350, 5mM cobalt chloride hexahydrate, 5mM nickel (II) chloride hexahydrate, 5mM cadmium chloride dehydrate, 5mM magnesium chloride hexahydrate, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 0.1M HEPES, pH7.5, 12% PEG3350, 5mM cobalt chloride hexahydrate, 5mM nickel (II) chloride hexahydrate, 5mM cadmium chloride dehydrate, 5mM magnesium chloride hexahydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9206,0.9208
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日
放射モノクロメーター: Si(111), beam focused by a toroidal mirror
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92061
20.92081
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 24473 / Num. obs: 24473 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.088
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique all: 1790 / Rsym value: 0.269 / % possible all: 68.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
SnB位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 1006 -RANDOM
Rwork0.1975 ---
all0.235 26392 --
obs0.215 21159 80.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 0 3 244 1329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0056

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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