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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ggi | ||||||||||||||||||
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タイトル | Locating monovalent cations in one turn of G/C rich B-DNA | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / CATIONS / DIVALENT CATIONS / MONOVALENT CATIONS / THALLIUM ION | 機能・相同性 | THALLIUM (I) ION / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Maehigashi, T. / Moulaei, T. / Watkins, D. / Komeda, S. / Williams, L.D. | ![]() ![]() タイトル: Locating monovalent cations in one turn of G/C rich B-DNA 著者: Maehigashi, T. / Moulaei, T. / Watkins, D. / Komeda, S. / Williams, L.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-TL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MPD, Magnesium acetate, Thallium acetate, Cacodylic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月21日 |
放射 | モノクロメーター: Cryogenically cooled Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97582 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.92→30.6 Å / Num. obs: 13522 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 61 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: DNA coordinates from PDB Entry 1bd1 (Heinemann and Alings) 解像度: 0.98→15.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.449 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.856 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→15.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.978→1.003 Å / Total num. of bins used: 20
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