PDB-3gfs: Structure of YhdA, K109D/D137K variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gfs

タイトル

Structure of YhdA, K109D/D137K variant

要素

FMN-dependent NADPH-azoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEINS / QUINONE REDUCTASE / FLAVODOXIN / OLIGOMERIZATION / Flavoprotein / FMN / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / FMN binding / oxidoreductase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.105 Å

データ登録者

Staunig, N. / Gruber, K.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: A single intersubunit salt bridge affects oligomerization and catalytic activity in a bacterial quinone reductase
著者: Binter, A. / Staunig, N. / Jelesarov, I. / Lohner, K. / Palfey, B.A. / Deller, S. / Gruber, K. / Macheroux, P.

履歴

登録	2009年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gfs.cif.gz	789.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gfs.ent.gz	656.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gfs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gfs_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gfs_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	3gfs_validation.xml.gz	84 KB	表示
CIF形式データ	3gfs_validation.cif.gz	111.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/3gfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/3gfs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gfqC 3gfrC 1nniS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gsw-d 4a8f-1 1uvj-1 4a8w-1 1uvn-3 1uvn-1 4a8f-3 1hi1-1 1uvi-3 1uvj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FMN-dependent NADPH-azoreductase

B: FMN-dependent NADPH-azoreductase

C: FMN-dependent NADPH-azoreductase

D: FMN-dependent NADPH-azoreductase

E: FMN-dependent NADPH-azoreductase

F: FMN-dependent NADPH-azoreductase

G: FMN-dependent NADPH-azoreductase

H: FMN-dependent NADPH-azoreductase

I: FMN-dependent NADPH-azoreductase

J: FMN-dependent NADPH-azoreductase

K: FMN-dependent NADPH-azoreductase

L: FMN-dependent NADPH-azoreductase

ヘテロ分子

233 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FMN-dependent NADPH-azoreductase

C: FMN-dependent NADPH-azoreductase

I: FMN-dependent NADPH-azoreductase

J: FMN-dependent NADPH-azoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FMN-dependent NADPH-azoreductase

D: FMN-dependent NADPH-azoreductase

G: FMN-dependent NADPH-azoreductase

H: FMN-dependent NADPH-azoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: FMN-dependent NADPH-azoreductase

F: FMN-dependent NADPH-azoreductase

ヘテロ分子

K: FMN-dependent NADPH-azoreductase

L: FMN-dependent NADPH-azoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.625, 170.132, 93.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.250, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1
11	1
12	1

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 3 - 106 / Label seq-ID: 3 - 106

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J
11	K	K
12	L	L

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	FMN-dependent NADPH-azoreductase / Azobenzene reductase 分子量: 18925.869 Da / 分子数: 12 / 変異: K109D, D137K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: azr, BSU09340, yhdA / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: O07529, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 977 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch crystallization / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2.0 M Ammonium Sulfate, batch crystallization, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8148 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.105→30 Å / Num. all: 119393 / Num. obs: 119393 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.26 Å² / R_sym value: 0.096
反射シェル	解像度: 2.105→2.16 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.46 / % possible all: 52.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1nni

1nni

解像度: 2.105→29.341 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.839 / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: isotropic plus TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	6012	5.04 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
all	0.187	119393	-	-
obs	0.187	119393	96.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.257 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.24 Å² / B_iso mean: 36.237 Å² / B_iso min: 13.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.422 Å²	-0 Å²	0.498 Å²
2-	-	-4.633 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.789 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.105→29.341 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15379	0	372	977	16728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	16004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.58	21695
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	2532
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.06	5865

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.433
1	3	C	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.6
1	4	D	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.58
1	5	E	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.626
1	6	F	1272	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.608
1	7	G	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.635
1	8	H	1272	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.503
1	9	I	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.684
1	10	J	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.579
1	11	K	1277	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.663
1	12	L	1266	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.533

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.105-2.129	0.354	93	0.266	1438	1531
2.129-2.154	0.318	185	0.252	3309	3494
2.154-2.181	0.292	187	0.233	3641	3828
2.181-2.208	0.298	175	0.234	3674	3849
2.208-2.237	0.28	220	0.225	3790	4010
2.237-2.268	0.299	190	0.215	3903	4093
2.268-2.3	0.253	210	0.198	3869	4079
2.3-2.335	0.239	201	0.189	3874	4075
2.335-2.371	0.247	189	0.195	3930	4119
2.371-2.41	0.245	199	0.194	3893	4092
2.41-2.451	0.259	206	0.194	3945	4151
2.451-2.496	0.259	209	0.187	3817	4026
2.496-2.544	0.236	246	0.204	3880	4126
2.544-2.596	0.263	212	0.201	3887	4099
2.596-2.652	0.267	206	0.197	3917	4123
2.652-2.714	0.256	210	0.19	3848	4058
2.714-2.782	0.241	202	0.19	3909	4111
2.782-2.857	0.228	211	0.191	3919	4130
2.857-2.941	0.255	184	0.203	3891	4075
2.941-3.036	0.252	219	0.195	3894	4113
3.036-3.144	0.242	225	0.19	3891	4116
3.144-3.27	0.229	193	0.196	3928	4121
3.27-3.418	0.222	200	0.186	3901	4101
3.418-3.598	0.203	196	0.173	3931	4127
3.598-3.823	0.194	212	0.162	3899	4111
3.823-4.118	0.174	215	0.147	3871	4086
4.118-4.531	0.15	214	0.13	3918	4132
4.531-5.183	0.157	214	0.135	3924	4138
5.183-6.518	0.189	193	0.179	3935	4128
6.518-29.343	0.171	196	0.169	3955	4151

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2121	-0.9359	0.3096	0.9168	-0.6969	2.5549	0.0163	0.0499	0.2517	-0.0396	0.0027	0.1226	-0.373	-0.2137	-0.0291	0.1936	0.0186	-0.0122	0.1867	0.0018	0.2389	-37.2005	-20.9774	-21.9307
2	3.0176	0.554	2.3901	1.3042	1.2897	2.1449	0.0596	-0.6205	0.165	0.1792	-0.2729	0.2036	0.3393	-0.4208	0.2246	0.2049	0.0323	0.037	0.3071	-0.007	0.2495	-41.0827	-25.1758	-6.7337
3	0.2963	0.02	0.0076	0.3296	0.0221	0.8657	-0.036	-0.0041	-0.0086	-0.0103	0.02	-0.0112	0.058	0.1399	0.0131	0.1409	0.0009	-0.0173	0.155	0.0039	0.2024	-33.7143	-33.6292	-21.093
4	1.3508	-0.5692	0.6065	0.3236	-0.3063	2.2011	0.2222	-0.034	0.0464	0.0086	-0.2421	0.079	-0.3817	-0.1491	0.0451	0.2555	-0.0028	-0.0199	0.2327	0.0011	0.1897	-39.6983	-27.383	-35.0388
5	0.5671	0.4476	-0.3576	0.696	0.4853	0.7318	-0.0155	0.1288	0.0177	-0.1667	0.0588	-0.0249	-0.166	0.0214	-0.0326	0.1941	-0.008	-0.0085	0.1964	0.0068	0.1812	16.4553	-8.0733	4.9734
6	-0.9635	0.4028	-0.0626	0.6276	-0.2496	0.3812	-0.0033	0.0033	0.06	0.0771	-0.0036	0.057	-0.0026	-0.0325	0.0192	0.1294	-0.0107	-0.0043	0.2007	-0.0195	0.1823	14.6024	-11.5827	13.5256
7	0.7861	0.2512	-0.3472	0.7294	0.5384	-0.455	0.0294	-0.0087	0.0427	0.0924	0.0888	-0.1187	-0.1316	0.0795	-0.0755	0.2816	-0.0351	0.0191	0.205	-0.016	0.1815	16.2684	-0.3454	18.8792
8	1.4732	-2.5187	1.175	1.9827	0.109	2.4443	-0.1524	0.043	0.6433	0.7191	0.2131	-0.6448	-0.482	0.4859	0.018	0.2819	-0.076	-0.0374	0.268	-0.0165	0.2797	28.3018	-6.7215	24.324
9	-0.0269	-0.4737	0.2472	0.0927	-0.2711	1.1404	0.0878	-0.1023	0.1235	0.2203	-0.2162	0.061	-0.1801	0.206	0.1228	0.1234	-0.0212	-0.016	0.2136	0.0416	0.1907	-15.8234	-32.1502	-2.3712
10	0.1514	-0.2115	0.4105	-0.8276	0.5402	1.2004	-0.1085	-0.0169	0.1089	0.1835	0.0158	0.0459	-0.3446	0.1281	0.1099	0.1655	-0.0533	-0.0713	0.1884	0.0206	0.2401	-14.5853	-26.1841	-5.8822
11	-0.3118	0.0338	0.4626	1.3798	-0.4918	1.0733	-0.0086	0.134	-0.046	-0.0828	-0.0755	-0.0797	0.0419	0.2724	0.0683	0.1314	-0.0058	0.0038	0.2736	0.0155	0.1983	-15.3318	-31.3848	-14.5773
12	0.7719	-0.2363	1.3866	0.4526	-0.533	2.3174	0.1022	0.1792	-0.0771	-0.0549	-0.0411	-0.0136	0.3152	0.3311	-0.0898	0.2076	0.0337	-0.0334	0.2184	-0.0033	0.2238	-10.7332	-43.9721	-2.7234
13	9.5925	-3.3289	2.5803	3.3737	-0.5022	2.779	0.6188	0.2928	-0.284	-0.4543	-0.2732	0.3595	0.1753	-0.0942	-0.281	0.1357	0.0006	-0.0804	0.1773	0.0098	0.3242	-12.7677	-20.9669	9.1869
14	1.1193	0.2263	0.2065	-0.0758	0.7207	0.0615	-0.0069	0.2372	-0.1644	-0.0537	0.0162	0.0403	0.1167	0.0323	-0.0355	0.1991	-0.0123	-0.0346	0.2353	0.0014	0.1992	-6.2192	-27.1	6.3456
15	0.0837	0.5876	-0.1306	1.3334	-1.1006	1.2451	-0.0319	0.0746	0.021	0.0581	0.0607	0.1407	-0.1112	0.044	-0.0373	0.1319	-0.0022	-0.0056	0.1919	-0.0025	0.1592	-4.0569	-14.1743	8.9967
16	-0.11	0.7417	1.1347	1.5712	-0.0393	0.7118	0.0296	-0.1302	0.0539	0.0838	0.0255	0.2864	-0.0228	-0.0399	-0.0365	0.1611	0.0035	0.0568	0.2319	-0.0021	0.2429	-9.7682	-25.0264	18.7909
17	0.861	-0.0191	1.0137	0.3814	-0.139	1.658	0.0353	0.0776	-0.0527	-0.295	0.0251	0.0065	-0.0937	0.0539	-0.0184	0.2636	-0.0103	-0.0328	0.2312	0.023	0.2127	12.7797	-52.2274	4.0086
18	3.2074	1.8299	0.5185	2.6638	0.4198	0.1584	-0.1412	-1.0233	-0.0076	0.4191	-0.3152	0.0645	-0.257	-0.3372	0.2967	0.2879	0.0431	-0.0954	0.3072	-0.0249	0.2278	8.1967	-39.2272	13.2041
19	0.5224	-0.2625	-0.2339	1.3238	0.0209	0.2812	-0.0592	0.0701	-0.0072	-0.1049	0.0238	0.0034	0.0817	-0.0349	0.0206	0.166	-0.0221	-0.0018	0.1657	0.0078	0.1587	14.5488	-59.8526	10.8794
20	1.5435	1.0205	0.4203	1.6034	-0.3556	1.0549	-0.3384	-0.0777	-0.074	-0.2615	0.2534	0.2568	0.1464	-0.24	0.0171	0.2706	-0.0688	-0.0137	0.2578	0.0256	0.3249	3.4686	-68.9775	9.0924
21	4.6637	-3.4171	-0.2557	0.5656	-1.044	1.7895	0.084	-0.5914	0.1551	0.0649	0.1704	-0.6261	0.1553	0.1833	-0.3752	0.1635	-0.0592	-0.0399	0.2453	-0.0446	0.3241	39.3191	-45.1064	22.8395
22	0.4806	0.8569	0.2211	0.4609	0.5097	0.6137	0.0126	0.0149	0.0726	-0.2267	0.0379	-0.057	-0.2454	0.0055	-0.0222	0.2651	-0.0061	-0.0166	0.195	0.0059	0.2491	31.3025	-40.3876	22.453
23	0.3848	-0.0941	0.0025	0.8051	-0.499	1.3292	-0.0263	0.0816	-0.0245	-0.0383	0.0185	-0.1514	0.0338	0.0712	0.0207	0.1581	-0.0046	0.0173	0.1589	0.0011	0.2049	32.6125	-51.1227	18.0625
24	0.017	-0.3794	0.4041	2.504	0.6754	0.8254	-0.1119	-0.0087	0.0972	0.4635	0.1214	-0.3812	0.1937	0.0617	-0.026	0.1978	0.0065	-0.0422	0.2466	0.0229	0.2201	35.6576	-47.1852	35.8662
25	2.8497	0.4962	0.2531	1.8296	-0.1679	0.0726	0.0024	0.3673	0.1802	0.5359	0.0869	0.0054	0.0005	-0.1033	-0.0528	0.2819	0.0042	-0.0096	0.2076	-0.0155	0.1834	11.6311	-21.2648	45.5553
26	0.9394	-0.2667	0.3337	1.2578	-0.4683	0.6754	-0.0741	-0.1406	0.0713	0.5002	0.0179	-0.0417	-0.2862	-0.0815	0.0582	0.3457	0.0213	-0.0234	0.199	-0.0287	0.1431	12.0601	-15.7644	45.1766
27	0.8604	-0.2865	0.6941	1.3473	0.7421	1.0536	0.0063	0.0677	-0.0663	0.0754	0.0222	0.071	0.0597	0.043	-0.0224	0.1544	0.0103	0.0011	0.1845	-0.0166	0.1528	12.5272	-24.8449	34.8813
28	2.6572	-4.1552	2.5068	4.6806	2.4607	6.0585	0.111	0.3773	0.2498	-0.2911	0.1346	-0.5734	0.6564	1.0932	-0.1483	0.2472	0.0097	-0.0153	0.3223	0.0302	0.3136	26.5749	-20.818	32.7196
29	0.3617	0.0298	-0.424	1.1872	-0.0398	0.9532	-0.088	-0.0677	0.1145	0.5778	0.2804	0.3054	-0.3999	0.0724	-0.1725	0.4369	0.1012	0.1489	0.1834	0.0048	0.2303	-8.7441	-0.4491	44.1252
30	0.0731	0.3692	-0.152	0.9888	0.1314	0.5698	0.0381	-0.0961	-0.0351	0.2706	-0.0016	0.1013	-0.0572	-0.0354	-0.046	0.3091	0.0582	0.1044	0.2266	0.0176	0.2195	-8.3339	-10.7426	41.4425
31	1.4297	-0.1106	-0.6915	0.2027	0.4833	0.9622	-0.1089	0.2303	-0.2258	0.0072	0.091	0.0752	-0.0303	0.0536	0.0173	0.2126	0.0261	0.0565	0.1877	-0.0007	0.1892	-5.3055	-7.3552	29.8171
32	0.5279	-0.5111	-0.3694	0.2264	0.4456	2.0368	0.0047	0.0805	-0.023	-0.2441	0.1061	0.1157	-0.6601	-0.1595	-0.1305	0.3818	0.1197	0.0821	0.2818	0.0633	0.2318	-11.7026	6.8528	31.2455
33	0.2341	-0.1245	-0.1175	-0.896	-0.2285	0.621	0.0583	-0.0154	-0.2208	0.0467	-0.0425	0.0117	0.4936	-0.0456	-0.0085	0.3976	-0.0165	-0.0205	0.1645	0.0194	0.2414	-35.5172	-65.9561	-22.0568
34	0.746	0.0048	-0.2922	0.907	-0.7583	1.4509	-0.0793	0.1325	-0.1239	-0.212	0.0454	-0.0155	0.4486	0.0012	0.0281	0.336	-0.0167	0.0091	0.2113	-0.03	0.1977	-32.5044	-58.4066	-32.334
35	1.2438	0.4484	0.1607	0.4495	1.8338	2.2336	0.0008	-0.1084	0.0784	0.205	-0.0025	0.0375	0.2683	0.0904	-0.0094	0.2347	0.0202	0.0299	0.1684	-0.0083	0.1855	-34.4355	-55.6708	-16.7213
36	-0.8469	-2.0033	1.0887	1.276	0.4105	3.826	0.2297	-0.1107	0.2339	-0.058	-0.1277	0.4073	-0.3425	-0.9284	-0.1782	0.2491	-0.0289	0.049	0.4129	0.0306	0.3194	-48.0457	-51.1253	-20.2741
37	0.4836	0.2311	-0.4741	1.5255	-0.7011	1.3171	-0.0687	0.1922	-0.0203	-0.6687	-0.0524	-0.0848	0.6029	0.5932	0.1329	0.4161	0.084	0.0723	0.4711	0.0012	0.209	-11.7359	-55.2256	-40.149
38	0.0722	0.3051	-0.5753	0.9335	0.7803	2.1105	-0.0285	-0.0834	-0.064	0.0449	-0.065	-0.1232	0.3561	0.5744	0.0878	0.2437	0.1128	0.0559	0.3757	0.0308	0.1841	-12.2068	-55.0897	-31.3892
39	1.0567	-0.7146	-0.3206	2.1006	-0.2571	1.7645	-0.1618	-0.1475	0.0399	0.2022	0.1017	0.1218	-0.3291	0.6548	-0.0731	0.2122	0.0051	0.0226	0.3613	-0.0376	0.2262	-17.8052	-45.97	-27.0381
40	2.0753	-0.312	-1.9938	2.4266	-1.3072	1.1237	0.0212	0.1441	0.3008	-0.4968	-0.0617	-0.3853	0.1791	0.2625	0.0663	0.3706	-0.0433	0.0803	0.4102	0.0828	0.3503	-9.0413	-39.6282	-38.4844
41	0.9055	-0.7768	0.3094	1.8808	-1.1274	0.9479	0.2465	0.2077	-0.1515	-0.9637	-0.1903	-0.0022	0.6307	0.0415	0.0133	0.585	0.071	0.0737	0.209	0.0075	0.2082	-15.5303	9.3264	-42.3559
42	0.7886	0.3134	-0.3425	1.3498	-0.1195	0.1542	0.0807	0.0291	-0.0589	-0.5463	-0.1117	-0.0354	0.1808	-0.0092	0.0498	0.3729	0.0283	0.0583	0.1446	-0.0008	0.1471	-14.1407	2.8907	-33.4155
43	0.5222	-0.518	-0.0191	0.6935	0.5102	0.5612	0.1352	-0.0133	0.154	-0.2863	-0.1083	-0.2037	-0.1211	0.0162	-0.0649	0.302	0.0198	0.0914	0.1631	0.0109	0.2027	-12.6619	17.4409	-34.3391
44	1.9572	-3.4662	0.1493	2.2155	-2.4343	5.7744	-0.181	0.0873	0.6015	-0.2039	-0.1985	-0.8122	0.3611	0.5902	0.3306	0.2995	0.0427	0.0837	0.3297	0.0226	0.3533	0.7527	18.0936	-28.9863
45	2.8172	0.6406	2.1451	0.1297	-1.3387	3.3272	0.2354	-0.2078	0.1486	-0.4035	-0.2372	-0.0869	0.828	-0.1014	0.0025	0.2845	-0.0521	-0.0338	0.1362	0.0282	0.2918	-34.249	-0.5453	-21.5194
46	0.7142	0.5636	-0.3322	0.9814	-0.7658	1.389	-0.1288	0.1125	-0.2348	-0.5153	0.1475	0.6108	0.5031	-0.1254	-0.0542	0.4637	-0.0577	-0.0874	0.201	0.0055	0.4381	-37.6351	-0.0963	-30.8291
47	0.2208	-0.0146	-0.204	1.9488	-0.4445	0.542	0.0132	0.0269	-0.0505	-0.3254	0.1334	0.3246	0.1463	-0.0277	-0.1328	0.2516	-0.0218	-0.0627	0.1703	0.0093	0.2429	-34.7349	10.661	-25.5993
48	-0.2973	1.4397	-0.4162	1.829	-0.9436	1.4722	-0.0147	-0.2752	-0.3179	0.0632	0.081	0.5506	0.1114	-0.3731	-0.0751	0.2973	-0.0481	0.1118	0.3686	0.0586	0.4682	-42.3096	6.8723	-11.5754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1-43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 44-65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 66-135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 136-171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 1-53
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 54-117
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 118-160
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 161-171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 1-18
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain C and resid 19-47
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain C and resid 48-133
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain C and resid 134-168
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain D and resid 1-6
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain D and resid 7-38
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain D and resid 39-117
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain D and resid 118-168
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain E and resid 1-46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain E and resid 47-59
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain E and resid 60-153
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain E and resid 154-171
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain F and resid 1-6
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain F and resid 7-44
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain F and resid 45-136
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain F and resid 137-168
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain G and resid 1-11
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain G and resid 12-111
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain G and resid 112-159
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain G and resid 160-171
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain H and resid 1-43
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain H and resid 44-110
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain H and resid 111-138
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain H and resid 139-168
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain I and resid 1-35
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain I and resid 36-111
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain I and resid 112-159
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain I and resid 160-171
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain J and resid 1-47
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain J and resid 48-109
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain J and resid 110-125
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain J and resid 126-168
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain K and resid 1-20
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain K and resid 21-91
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain K and resid 92-160
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain K and resid 161-171
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain L and resid 1-16
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain L and resid 17-54
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain L and resid 55-139
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain L and resid 140-168

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)