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万見
- PDB-3gfg: Structure of putative oxidoreductase yvaA from Bacillus subtilis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gfg
タイトルStructure of putative oxidoreductase yvaA from Bacillus subtilis in triclinic form
要素Uncharacterized oxidoreductase yvaA
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / Putative oxidoreductase yvaA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


scyllo-inositol 2-dehydrogenase (NADP+) / scyllo-inositol dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ binding / antibiotic biosynthetic process / NADPH binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
scyllo-inositol 2-dehydrogenase (NADP(+)) IolW
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Chang, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative oxidoreductase yvaA from Bacillus subtilis in triclinic form.
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Chang, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
B: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
C: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
D: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
E: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
F: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
G: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
H: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
I: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
J: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
K: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
L: Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)495,22312
ポリマ－495,22312
非ポリマー00
水9,296516
1
A: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
B: Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5372
ポリマ－82,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-11.1 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
D: Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5372
ポリマ－82,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area29040 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
F: Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5372
ポリマ－82,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-12.9 kcal/mol
Surface area28930 Å2
手法PISA
4
G: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
H: Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5372
ポリマ－82,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-10.7 kcal/mol
Surface area28850 Å2
手法PISA
5
I: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
J: Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5372
ポリマ－82,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-11.6 kcal/mol
Surface area28660 Å2
手法PISA
6
K: Uncharacterized oxidoreductase yvaA
L: Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5372
ポリマ－82,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-12.8 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.931, 92.135, 187.589
Angle α, β, γ (deg.)95.310, 94.190, 95.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized oxidoreductase yvaA


分子量: 41268.543 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 3-358 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU33530, yvaA / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32223
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 146417 / Num. obs: 146417 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.133 / Net I/σ(I): 11.381
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique all: 14589 / Rsym value: 0.307 / Χ2: 0.992 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GDO

3gdo


解像度: 2.59→45.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.841 / SU B: 22.271 / SU ML: 0.218 / SU R Cruickshank DPI: 0.912 / SU Rfree: 0.303 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.912 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 7368 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 146360 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.21 Å2 / Biso mean: 22.11 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.04 Å2-0.87 Å2
2--0.31 Å2-1.04 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→45.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31843 0 0 516 32359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02232550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.96744097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01954085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.14624.3881463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1155713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.47515193
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.24989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02124427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5681.520251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.121232719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.782312299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0724.511364
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 488 -
Rwork0.25 9532 -
all-10020 -
obs--90.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.41980.33150.22121.21780.07350.93640.01040.0190.382-0.069-0.0098-0.2336-0.13250.0791-0.00060.0430.0210.02940.0907-0.02770.184919.2769.4412.033
22.29290.53450.231.24990.05970.91010.05080.1455-0.1409-0.1529-0.06280.11660.0618-0.04340.0120.05160.0544-0.03390.0948-0.04240.0617-18.472-10.287-3.509
33.14080.30580.17490.93350.01151.0730.08840.14470.5058-0.0727-0.0206-0.2053-0.2010.1034-0.06770.0970.03720.09240.14950.0310.2022-25.1492.23295.372
42.73580.46520.45971.3488-0.01291.05870.11320.3857-0.1487-0.1523-0.0460.1360.1129-0.0629-0.06730.07690.0762-0.02020.1913-0.02520.0411-62.956-17.31689.24
52.304-0.7977-0.32051.49080.41050.7821-0.0529-0.17050.07890.0590.02650.0945-0.0268-0.01350.02630.0097-0.0053-0.00530.0537-0.00520.0377-62.136-14.86138.982
62.3556-0.8893-0.06921.36660.20281.1143-0.0240.0293-0.18070.0390.0724-0.12880.1030.0922-0.04840.01270.004-0.01460.0485-0.02880.1037-24.271-33.572131.148
72.8411-0.64260.10911.18610.00481.1316-0.069-0.40940.05680.08890.04130.1339-0.1478-0.07150.02770.0357-0.0185-0.00540.18910.00050.0611-17.928-3.73546.435
82.5214-0.76630.18221.42020.15821.31190.0641-0.1099-0.38910.07810.0475-0.12020.19980.108-0.11160.03980.0024-0.05270.15280.03610.170719.949-22.93740.353
91.2355-0.06470.63870.9510.23882.0464-0.0128-0.0825-0.10270.22820.0102-0.27750.13040.28520.00260.12180.0196-0.12140.0968-0.00080.3634-7.785-63.387180.075
101.91090.4910.64911.27940.48611.3655-0.14010.23580.0153-0.2040.05480.0724-0.02930.07370.08520.1436-0.0407-0.02460.0505-0.05250.2476-37.005-70.695149.276
111.93070.61571.91251.11620.60912.9325-0.16020.2365-0.1405-0.2110.2404-0.2785-0.01010.3415-0.08020.3285-0.03890.02170.2046-0.18290.3082-47.29839.17789.997
121.87570.27511.07861.72520.88562.2631-0.25150.32740.0274-0.84850.12720.2035-0.24710.12740.12430.8473-0.23-0.12320.2341-0.10910.2649-73.52631.40156.261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 356
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 357
4X-RAY DIFFRACTION4D13 - 356
5X-RAY DIFFRACTION5E13 - 357
6X-RAY DIFFRACTION6F13 - 357
7X-RAY DIFFRACTION7G13 - 356
8X-RAY DIFFRACTION8H13 - 357
9X-RAY DIFFRACTION9I13 - 357
10X-RAY DIFFRACTION10J13 - 357
11X-RAY DIFFRACTION11K13 - 357
12X-RAY DIFFRACTION12L13 - 357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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