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万見
- PDB-3gel: O-Methylphosphorylated Torpedo Acetylcholinesterase Obtained by R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gel
タイトルO-Methylphosphorylated Torpedo Acetylcholinesterase Obtained by Reaction with Methyl Paraoxon (AGED)
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / methyl paraoxon / serine esterase / neurotransmitter degradation / synapse
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / choline metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo californica (エイ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Legler, P.M. / Millard, C.B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: O-Methylphosphorylated Torpedo Acetylcholinesterase Obtained by Reaction with Methyl Paraoxon (AGED)
著者: Millard, C.B. / Legler, P.M. / Soojhawon, I.
履歴
登録2009年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2881
ポリマ－60,2881
非ポリマー00
水6,323351
1
A: Acetylcholinesterase

A: Acetylcholinesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5762
ポリマ－120,5762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area37460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.726, 111.726, 136.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 60287.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Electric Organ / 由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.93 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 18% Peg 200, 0.1 M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月15日 / 詳細: Multilayer Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→28.53 Å / Num. obs: 35608 / % possible obs: 94.64 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 21.27 % / Biso Wilson estimate: 26.949 Å2 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 23.75
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 20.67 % / Mean I/σ(I) obs: 6.36 / Num. unique all: 4106 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SAINTデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ACE

2ace


解像度: 2.39→27.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 4.945 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23995 1872 5 %RANDOM
Rwork0.21021 ---
obs0.21169 35608 94.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.21 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→27.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4208 0 0 351 4559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9141.9445875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.355523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2523.99208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05315699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1021524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.22276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22994
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3010.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.86322684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61134225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.70521909
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5331650
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 146 -
Rwork0.228 2573 -
obs-4106 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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