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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3geb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of edeya2 | ||||||
![]() | Eyes absent homolog 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Activator / Alternative splicing / Cytoplasm / Developmental protein / Magnesium / Nucleus / Polymorphism / Protein phosphatase / Transcription / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | ![]() histone H2AXY142 phosphatase activity / mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of DNA repair / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...histone H2AXY142 phosphatase activity / mesodermal cell fate specification / striated muscle tissue development / mitochondrial outer membrane permeabilization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of DNA repair / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cell differentiation / DNA repair / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of edeya2 著者: Kim, S.J. / Jeong, D.G. / Jung, S.K. / Seong, E.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31054.330 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.82 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 77791 / Num. obs: 76896 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 11332 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: The crystal form is twinned by the operator h,-k,-l, twinning fraction 0.35
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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