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- PDB-3gdb: Crystal structure of Spr0440 glycoside hydrolase domain, Endo-D f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gdb
タイトルCrystal structure of Spr0440 glycoside hydrolase domain, Endo-D from Streptococcus pneumoniae R6
要素Putative uncharacterized protein spr0440
キーワードHYDROLASE / alpha-beta-barrels / Cell wall / Peptidoglycan-anchor / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall / metabolic process / extracellular region / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolase family 85 / Bacterial Ig-like domain (group 3) / Ig-like domain, bacterial type / : / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 ...Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolase family 85 / Bacterial Ig-like domain (group 3) / Ig-like domain, bacterial type / : / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Jiang, Y.-L. / Frolet, C. / Di-guilmi, A.-M. / Zhou, C.-Z. / Vernet, T. / Chen, Y.-X.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Spr0440 glycoside hydrolase domain, Endo-D from Streptococcus pneumoniae R6
著者: Jiang, Y.-L. / Frolet, C. / Di-guilmi, A.-M. / Zhou, C.-Z. / Vernet, T. / Chen, Y.-X.
履歴
登録2009年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein spr0440
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4854
ポリマ－104,2151
非ポリマー2703
水12,953719
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.140, 59.060, 94.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1650-

HOH

21A-1651-

HOH

31A-1652-

HOH

41A-1653-

HOH

詳細THE PROTEIN IS A MONOMER IN THE SOLUTION.ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES HAS NOT REVEALED ANY SPECIFIC INTERACTIONS THAT COULD RESULT IN THE FORMATION OF STABLE QUATERNARY STRUCTURES. MOST PROBABLY, STRUCTURES DO NOT COMPLEXATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein spr0440 / Endo-D


分子量: 104214.617 Da / 分子数: 1 / 断片: Glycoside Hydrolase domain, residues 38-953 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: spr0440 / プラスミド: pLIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q8CZ52, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.704281 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.828815 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20% w/v Polyethylene glycol 4000, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-00711.5418
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9790,0.9793,0.9700
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2008年12月6日
MAR CCD 165 mm2CCD2008年1月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.9791
30.97931
40.971
反射解像度: 1.86→24.66 Å / Num. obs: 57291 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 197385
反射 シェル解像度: 1.86→1.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 7581 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.87→24.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.155 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20435 2899 5.1 %RANDOM
Rwork0.16128 ---
obs0.16352 54391 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.169 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å2-1.16 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→24.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5068 0 10 727 5805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.937059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.675635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74424.846260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76115856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.11519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.22438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.951.53221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27325029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.39932346
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4334.52029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.866→1.915 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 205 -
Rwork0.257 3766 -
obs--91.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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