ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MAR345dtb | | データ収集 | AMoRE | | 位相決定 | REFMAC | 5.2.0019精密化 | AUTOMAR | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Z-DNA FIBER MODEL BUILT WITH INSIGHT-II 解像度: 1.88→10.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.153 / SU ML: 0.111 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.26596 | 107 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.241 | - | - | - |
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obs | 0.24219 | 1992 | 99.62 % | - |
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all | - | 1999 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.051 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.09 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.11 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.02 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→10.92 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 240 | 0 | 19 | 259 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.011 | 0.021 | 272 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.015 | 3 | 418 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.073 | 0.2 | 47 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.008 | 0.02 | 125 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.162 | 0.2 | 97 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.282 | 0.2 | 148 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.158 | 0.2 | 9 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.277 | 0.2 | 21 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.203 | 0.2 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.676 | 3 | 398 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it2.675 | 4.5 | 417 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.875→1.923 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.502 | 8 | - |
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Rwork | 0.44 | 146 | - |
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obs | - | 1992 | 100 % |
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