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- PDB-3gc9: The structure of p38beta C119S, C162S in complex with a dihydroqu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gc9
タイトルThe structure of p38beta C119S, C162S in complex with a dihydroquinazolinone inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 11
キーワードTRANSFERASE / Serine/Threonine kinase / drug design / selectivity / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to UV-B / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets ...negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to UV-B / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / cellular response to interleukin-1 / MAP kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / mitogen-activated protein kinase / cardiac muscle cell proliferation / stress-activated MAPK cascade / p38MAPK events / positive regulation of interleukin-12 production / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / cellular response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / osteoblast differentiation / cellular senescence / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B45 / Mitogen-activated protein kinase 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Scapin, G. / Patel, S.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: The three-dimensional structure of MAP kinase p38beta: different features of the ATP-binding site in p38beta compared with p38alpha.
著者: Patel, S.B. / Cameron, P.M. / O'Keefe, S.J. / Frantz-Wattley, B. / Thompson, J. / O'Neill, E.A. / Tennis, T. / Liu, L. / Becker, J.W. / Scapin, G.
履歴
登録2009年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 11
B: Mitogen-activated protein kinase 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2677
ポリマ－84,0622
非ポリマー1,2055
水6,233346
1
A: Mitogen-activated protein kinase 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6013
ポリマ－42,0311
非ポリマー5702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6664
ポリマ－42,0311
非ポリマー6353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.184, 158.823, 60.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 11 / Mitogen-activated protein kinase p38 beta / MAP kinase p38 beta / p38b / p38-2 / Stress-activated ...Mitogen-activated protein kinase p38 beta / MAP kinase p38 beta / p38b / p38-2 / Stress-activated protein kinase 2


分子量: 42030.781 Da / 分子数: 2 / 変異: C119S,C162S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK11, PRKM11, SAPK2 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q15759, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-B45 / 5-(2-chloro-4-fluorophenyl)-1-(2,6-dichlorophenyl)-7-[1-(1-methylethyl)piperidin-4-yl]-3,4-dihydroquinazolin-2(1H)-one


分子量: 546.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27Cl3FN3O
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12-14% PEG 3350, 0.12 M ammonium fluoride, 1% DMSO, 30 uM CTAB, 10-20 mM LiCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 46456 / Num. obs: 45759 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4583 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3GC8

3gc8


解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 10.615 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27531 2309 5.1 %RANDOM
Rwork0.22173 ---
obs0.22443 43404 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20.06 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---0.65 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.323 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5384 0 75 346 5805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9847582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7355670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45323.654260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.74315951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.751543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0850.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6231.53366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12125427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57432305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.494.52155
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.161 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 318 -
Rwork0.25 5958 -
obs-6276 93.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04550.20770.82062.1516-0.88663.3492-0.0614-0.0402-0.1356-0.13150.01970.35960.1207-0.31640.04160.03190.03890.0588-0.0724-0.0051-0.017621.6845-16.763427.8885
23.1947-0.68640.26012.36310.07391.92410.028-0.1124-0.01480.0505-0.0719-0.03220.0138-0.01490.0439-0.1748-0.03270.0047-0.1460.0249-0.209830.171811.330630.4605
345.7852-6.092228.62762.6661-10.376241.1422-0.2284-1.46551.29730.8113-0.12540.16810.1308-0.96430.35380.0948-0.03520.1301-0.00960.08530.130126.2784-8.548436.0849
40.65050.2992-1.21862.0168-0.94722.92090.03080.07920.1408-0.0073-0.0230.4171-0.1125-0.3337-0.0078-0.01690.0115-0.0215-0.0567-0.03880.03437.983253.04892.2156
53.22650.46690.64373.9950.4352.61330.02860.00570.0218-0.0586-0.0538-0.01110.0493-0.18440.0252-0.21540.0288-0.0055-0.15690.0056-0.201915.987424.7493-0.037
629.89571.105210.23172.6943-9.190738.0103-0.60881.7154-0.2172-0.28070.30570.4314-0.2347-0.80010.3030.12250.0095-0.0299-0.06010.05920.177312.43844.7865-6.014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 112
2X-RAY DIFFRACTION1A323 - 348
3X-RAY DIFFRACTION2A115 - 320
4X-RAY DIFFRACTION3A365
5X-RAY DIFFRACTION4B3 - 112
6X-RAY DIFFRACTION4B323 - 349
7X-RAY DIFFRACTION5B115 - 320
8X-RAY DIFFRACTION6B365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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