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- PDB-3gbj: Crystal structure of the motor domain of kinesin KIF13B bound with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gbj
タイトルCrystal structure of the motor domain of kinesin KIF13B bound with ADP
要素KIF13B protein
キーワードMOTOR PROTEIN / kinesin / motor domain / ADP / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / ATP-binding / Microtubule / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeleton-dependent intracellular transport / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / regulation of axonogenesis / microtubule-based movement / protein targeting / 14-3-3 protein binding / T cell activation ...cytoskeleton-dependent intracellular transport / Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / regulation of axonogenesis / microtubule-based movement / protein targeting / 14-3-3 protein binding / T cell activation / microtubule binding / microtubule / axon / protein kinase binding / signal transduction / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY ...Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Kinesin motor domain / Kinesin / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein / Kinesin-like protein KIF13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Tong, Y. / Shen, L. / Shen, Y. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the motor domain of kinesin KIF13B bound with ADP
著者: Tong, Y. / Shen, L. / Shen, Y. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2009年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KIF13B protein
B: KIF13B protein
C: KIF13B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,68214
ポリマ－117,3273
非ポリマー1,35511
水2,450136
1
A: KIF13B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5615
ポリマ－39,1091
非ポリマー4524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: KIF13B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5615
ポリマ－39,1091
非ポリマー4524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: KIF13B protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5614
ポリマ－39,1091
非ポリマー4523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.229, 86.520, 94.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN AT THE TIME OF DEPOSITION

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要素

#1: タンパク質 KIF13B protein


分子量: 39109.121 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 4-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF13B / プラスミド: pET28a-LIC-CHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3-V2R pRARE2 / 参照: UniProt: A0JLQ2, UniProt: Q9NQT8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, Ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 133690 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.356 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.143.70.94733131.394100
2.14-2.183.70.80833331.367100
2.18-2.223.70.70733251.396100
2.22-2.263.70.60533162.05799.9
2.26-2.313.70.6233431.436100
2.31-2.373.80.4533171.364100
2.37-2.423.70.39933421.354100
2.42-2.493.80.34533361.372100
2.49-2.563.80.26533481.308100
2.56-2.653.80.20733121.315100
2.65-2.743.80.18133291.299100
2.74-2.853.80.12933751.26100
2.85-2.983.80.09433111.183100
2.98-3.143.80.07333431.158100
3.14-3.333.80.05133351.106100
3.33-3.593.70.04233541.158100
3.59-3.953.70.04233581.60999.9
3.95-4.523.70.03933681.87100
4.52-5.73.60.02833931.22699.9
5.7-403.70.02133910.90798.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1I6I

1i6i


解像度: 2.102→39.062 Å / FOM work R set: 0.797 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. Programs coot, molprobity have also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 3474 2.67 %Thin shells
Rwork0.221 ---
obs0.222 133690 98.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.55 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 162.21 Å2 / Biso mean: 46.3 Å2 / Biso min: 15.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.877 Å2-0 Å2-2.799 Å2
2--2.964 Å2-0 Å2
3----2.087 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→39.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6531 0 89 136 6756
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75780.2871-0.35440.6933-0.58730.86530.0450.13240.0784-0.01530.04350.043-0.0893-0.14870.33880.0366-0.00060.28450.04160.2186-23.6571-18.6667-1.7065
20.6762-0.6416-0.23890.91340.40630.68360.0728-0.08490.0441-0.06290.0232-0.05660.00850.0770.1629-0.01290.01960.1697-0.01250.2076-11.8153-37.702334.3616
31.02830.45580.76821.02640.67721.28010.1294-0.0192-0.11120.17460.09730.00540.1924-0.02650.17370.0131-0.04450.17470.01090.213-19.471-48.3335-32.644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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