PDB-3gae: Crystal Structure of PUL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gae

タイトル

Crystal Structure of PUL

要素

Protein DOA1

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Ufd3 / Cdc48 / Armadillo repeat / Nucleus / Phosphoprotein / Ubl conjugation pathway / WD repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

ribophagy / ubiquitin recycling / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / ubiquitin-modified protein reader activity / G1 to G0 transition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zhao, G. / Schindelin, H. / Lennarz, W.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: An Armadillo motif in Ufd3 interacts with Cdc48 and is involved in ubiquitin homeostasis and protein degradation
著者: Zhao, G. / Li, G. / Schindelin, H. / Lennarz, W.J.

履歴

登録	2009年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gae.cif.gz	124.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gae.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gae_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gae_full_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示
XML形式データ	3gae_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	3gae_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/3gae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/3gae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5nhs-d 3e4b-3 2ckw-d 6qvv-d 1sh0-1 3dzw-1 3e4b-2 1jpc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein DOA1

B: Protein DOA1

ヘテロ分子

57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Protein DOA1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Protein DOA1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.588, 64.588, 115.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Protein DOA1 分子量: 28652.436 Da / 分子数: 2 / 断片: PUL domain, UNP residues 464-715 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: UFD3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36037
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.45 % / Mosaicity: 0.446 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M sodium acetate (pH 5.6), 0.1M MgCl2, 26-28% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X26C		1	1
回転陽極			RIGAKU RUH3R	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2008年10月2日
RIGAKU RAXIS IV++	2	IMAGE PLATE	2008年8月24日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.5418	1

Reflection

冗長度: 4.9 % / Av σ(I) over netI: 22.68 / 数: 135271 / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.12 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27590 / % possible obs: 96.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.63	50	99.9	1	0.062	0.937	5.7
3.68	4.63	100	1	0.062	0.911	5.7
3.21	3.68	100	1	0.071	1.073	5.7
2.92	3.21	100	1	0.081	1.154	5.6
2.71	2.92	100	1	0.092	1.166	5.6
2.55	2.71	100	1	0.109	1.231	5.6
2.42	2.55	100	1	0.121	1.203	5.4
2.32	2.42	99.9	1	0.135	1.297	3.7
2.23	2.32	92	1	0.156	1.346	2.8
2.15	2.23	72.8	1	0.168	1.2	2.4

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 71191 / Num. obs: 71191 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.081 / Net I/σ(I): 22.68

反射シェル

解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7056 / Χ²: 1.074 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.227 / WR_factor R_work: 0.189 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.873 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.09 / SU R_free: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	3597	5.1 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
all	0.181	67543	-	-
obs	0.181	71140	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 50.81 Å² / B_iso mean: 13.473 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4040	0	15	548	4603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	4175
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.756	1.965	5674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.082	3	6810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.152	5	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.93	25.816	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.503	15	749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.782	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.074	1.5	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.357	1.5	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.788	2	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.664	3	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.105	4.5	1525

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	260	-
R_work	0.242	4878	-
all	-	5138	-
obs	-	-	98.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5628	0.9948	0.4294	1.1839	0.3799	0.2873	0.0886	-0.0816	-0.1166	-0.0027	-0.0675	-0.0887	0.0107	-0.0298	-0.0211	0.0901	0.0212	-0.008	0.0594	0.0284	0.0507	56.5158	-2.0594	23.755
2	1.8174	0.03	0.2196	1.2606	-0.0886	0.635	0.0663	-0.2087	0.1016	-0.0123	-0.0788	-0.1166	-0.0435	-0.0384	0.0125	0.0455	-0.0068	0.0131	0.0833	-0.0049	0.0658	67.8457	19.413	31.3283
3	0.5077	-0.0268	0.4349	1.6594	-0.9525	1.4107	0.1003	-0.0215	-0.019	-0.1299	-0.0441	0.0773	0.196	0.0244	-0.0561	0.0467	0.0007	-0.0213	0.0783	0.0101	0.0548	33.253	5.5071	41.3405
4	1.9789	0.7854	0.2274	1.3783	-0.1411	1.0101	0.0196	-0.0889	0.2152	-0.0205	-0.0211	0.1553	-0.0723	0.0009	0.0015	0.0473	0.0073	0.0014	0.0473	-0.0016	0.091	39.9683	28.3507	35.853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	463 - 651
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	652 - 715
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	463 - 590
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	591 - 715

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