[日本語] English
万見
- PDB-3ga1: Crystal Structure of the Human Nac1 POZ Domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ga1
タイトルCrystal Structure of the Human Nac1 POZ Domain
要素Nucleus accumbens-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / BTB/POZ domain / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / cell junction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm ...DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / cell junction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / : / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac ...BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / : / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Nucleus accumbens-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stead, M.A. / Carr, S.B. / Wright, S.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of the human Nac1 POZ domain
著者: Stead, M.A. / Carr, S.B. / Wright, S.C.
履歴
登録2009年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleus accumbens-associated protein 1
B: Nucleus accumbens-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7896
ポリマ－28,5402
非ポリマー2484
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.690, 57.690, 172.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Nucleus accumbens-associated protein 1 / BTB/POZ domain-containing protein 14B / Nucleus accumbens-1 / NAC-1


分子量: 14270.242 Da / 分子数: 2 / 断片: POZ Domain, UNP residues 2-125 / 変異: F98D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAC1 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q96RE7
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 % / Mosaicity: 0.477 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6M ammonium nitrate, 0.1M bis-tris propane, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月21日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Sigitally Focussed Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.75 % / 数: 120991 / Rmerge(I) obs: 0.103 / D res high: 2.1 Å / D res low: 47.96 Å
反射解像度: 2.1→47.96 Å / Num. obs: 17928 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 26.855 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. measured all: 17832 / Num. unique all: 2542 / Rsym value: 0.546 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.87 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.96 Å
Translation2.5 Å47.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.9 2008/10/21データスケーリング
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IF5

2if5


解像度: 2.1→47.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 9.577 / SU ML: 0.118 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / SU Rfree: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 908 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 17862 99.97 %-
all-16954 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.26 Å2 / Biso mean: 18.089 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1843 0 16 107 1966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.021713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9582569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.38733984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2035241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12624.72591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.85615327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5421510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.51190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1441.5485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3821893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0733711
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5244.5672
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 77 -
Rwork0.225 1212 -
all-1289 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18660.5408-0.25861.9938-1.01291.35730.0099-0.00240.05910.08490.08260.0556-0.035-0.0241-0.09240.08740.01180.00090.11180.01260.090518.8483.02776.418
20.9643-0.36731.28161.5819-0.81291.8464-0.0898-0.07860.02940.05790.13530.189-0.2005-0.195-0.04550.11380.03980.03020.15730.04130.10919.999.67966.735
319.27610.4489-0.309413.37535.74014.8205-0.23350.97070.177-0.1357-0.07080.72640.412-0.56880.30420.5956-0.1463-0.25910.16920.04480.238210.11-0.19962.513
41.5543-0.44150.70321.5239-1.21213.0368-0.0092-0.11250.04460.0882-0.0286-0.0954-0.03630.17910.03790.1366-0.01340.01690.10280.00880.099222.1-7.34584.258
52.6211.74710.42315.82510.43542.4411-0.0450.1128-0.0641-0.05430.06420.04880.0322-0.0715-0.01910.1221-0.0112-0.00060.13560.00190.088120.06-17.60996.195
64.91882.2984-1.059211.52943.3251.62520.0251-0.0820.10650.1872-0.26280.77210.046-0.08060.23770.19510.0632-0.01530.23390.06190.13379.008-20.3992.61
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2A76 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5B93 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6B112 - 122

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る