PDB-3ga1: Crystal Structure of the Human Nac1 POZ Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ga1

タイトル

Crystal Structure of the Human Nac1 POZ Domain

要素

Nucleus accumbens-associated protein 1

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

BTB/POZ domain /

Nucleus (Nucleus) /

Phosphoprotein /

Repressor (リプレッサー) /

Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific /

histone deacetylase binding /

細胞結合 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II /

核質 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stead, M.A. / Carr, S.B. / Wright, S.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of the human Nac1 POZ domain
著者: Stead, M.A. / Carr, S.B. / Wright, S.C.

履歴

登録	2009年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ga1.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ga1.ent.gz	46.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ga1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/3ga1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/3ga1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2if5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ohv-3 1r28-d 3ohv-2 3e4u-3 5mw2-1 6rf6-d 5nxx-2 5jrf-d 2if5-1 5mw6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleus accumbens-associated protein 1

B: Nucleus accumbens-associated protein 1

ヘテロ分子

28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.690, 57.690, 172.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Nucleus accumbens-associated protein 1 / BTB/POZ domain-containing protein 14B / Nucleus accumbens-1 / NAC-1 分子量: 14270.242 Da / 分子数: 2 / 断片: POZ Domain, UNP residues 2-125 / 変異: F98D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAC1 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q96RE7
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.11 % / Mosaicity: 0.477 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 6M ammonium nitrate, 0.1M bis-tris propane, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月21日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Sigitally Focussed Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
Reflection	冗長度: 6.75 % / 数: 120991 / R_merge(I) obs: 0.103 / D res high: 2.1 Å / D res low: 47.96 Å
反射	解像度: 2.1→47.96 Å / Num. obs: 17928 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.855 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. measured all: 17832 / Num. unique all: 2542 / R_sym value: 0.546 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 56.87 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.96 Å
Translation	2.5 Å	47.96 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	CCP4_3.3.9 2008/10/21	データスケーリング
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IF5

2if5

解像度: 2.1→47.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / WR_factor R_free: 0.243 / WR_factor R_work: 0.208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 9.577 / SU ML: 0.118 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / SU R_free: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	908	5.1 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	17862	99.97 %	-
all	-	16954	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.26 Å² / B_iso mean: 18.089 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1843	0	16	107	1966

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.958	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.387	3	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.203	5	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.126	24.725	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.856	15	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.542	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.73	1.5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.144	1.5	485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.38	2	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.073	3	711
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.524	4.5	672

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	77	-
R_work	0.225	1212	-
all	-	1289	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1866	0.5408	-0.2586	1.9938	-1.0129	1.3573	0.0099	-0.0024	0.0591	0.0849	0.0826	0.0556	-0.035	-0.0241	-0.0924	0.0874	0.0118	0.0009	0.1118	0.0126	0.0905	18.848	3.027	76.418
2	0.9643	-0.3673	1.2816	1.5819	-0.8129	1.8464	-0.0898	-0.0786	0.0294	0.0579	0.1353	0.189	-0.2005	-0.195	-0.0455	0.1138	0.0398	0.0302	0.1573	0.0413	0.1091	9.99	9.679	66.735
3	19.276	10.4489	-0.3094	13.3753	5.7401	4.8205	-0.2335	0.9707	0.177	-0.1357	-0.0708	0.7264	0.412	-0.5688	0.3042	0.5956	-0.1463	-0.2591	0.1692	0.0448	0.2382	10.11	-0.199	62.513
4	1.5543	-0.4415	0.7032	1.5239	-1.2121	3.0368	-0.0092	-0.1125	0.0446	0.0882	-0.0286	-0.0954	-0.0363	0.1791	0.0379	0.1366	-0.0134	0.0169	0.1028	0.0088	0.0992	22.1	-7.345	84.258
5	2.621	1.7471	0.4231	5.8251	0.4354	2.4411	-0.045	0.1128	-0.0641	-0.0543	0.0642	0.0488	0.0322	-0.0715	-0.0191	0.1221	-0.0112	-0.0006	0.1356	0.0019	0.0881	20.06	-17.609	96.195
6	4.9188	2.2984	-1.0592	11.5294	3.325	1.6252	0.0251	-0.082	0.1065	0.1872	-0.2628	0.7721	0.046	-0.0806	0.2377	0.1951	0.0632	-0.0153	0.2339	0.0619	0.1337	9.008	-20.39	92.61

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	109 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	93 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	112 - 122

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