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- PDB-3g9k: Crystal structure of Bacillus anthracis transpeptidase enzyme CapD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g9k
タイトルCrystal structure of Bacillus anthracis transpeptidase enzyme CapD
要素(Capsule biosynthesis protein capD) x 2
キーワードHYDROLASE / CapD protein / Bacillus anthracis / The Great Lakes Regional Center of Excellence / GLRCE / Capsule biogenesis/degradation / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


capsule polysaccharide biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / peptidase activity / transferase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #230 / Gamma-glutamyltranspeptidase, small (S) subunit / : / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #230 / Gamma-glutamyltranspeptidase, small (S) subunit / : / Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Capsule biosynthesis protein CapD proenzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Zhang, R. / Wu, R. / Richter, S. / Anderson, V.J. / Missiakas, D. / Joachimiak, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Bacillus anthracis Transpeptidase Enzyme CapD.
著者: Wu, R. / Richter, S. / Zhang, R.G. / Anderson, V.J. / Missiakas, D. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年10月19日Group: Structure summary
改定 1.32011年11月2日Group: Structure summary
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Capsule biosynthesis protein capD
S: Capsule biosynthesis protein capD
D: Capsule biosynthesis protein capD
F: Capsule biosynthesis protein capD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9306
ポリマ－111,6364
非ポリマー2942
水9,998555
1
L: Capsule biosynthesis protein capD
S: Capsule biosynthesis protein capD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1124
ポリマ－55,8182
非ポリマー2942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9260 Å2
ΔGint-51.8 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
2
D: Capsule biosynthesis protein capD
F: Capsule biosynthesis protein capD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8182
ポリマ－55,8182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-50.3 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.668, 120.621, 77.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Capsule biosynthesis protein capD


分子量: 36223.242 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Long chain / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: A0389
遺伝子: BAK_B0097, BXB0063, capD, dep, GBAA_pXO2_0063, pXO2-55
プラスミド: pDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q51693
#2: タンパク質 Capsule biosynthesis protein capD


分子量: 19594.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 352-528 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Short chain / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: A0389 / 遺伝子: capD, dep, pXO2-55, BXB0063, GBAA_pXO2_0063 / プラスミド: pDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q51693
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 3350, 8% PEG 400, 0.05M LiSO4, 0.1M Na-Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 88013 / Num. obs: 83551 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.79→1.83 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / % possible all: 82.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GA9

3ga9


解像度: 1.79→40.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.964 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24166 4413 5 %RANDOM
Rwork0.19653 ---
obs0.19875 83551 97.58 %-
all-83551 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.615 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å20.25 Å2
2--3.42 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→40.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6904 0 19 555 7478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.9779492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.968312057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.155885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5524.399291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.673151292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8861535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.25100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.23399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23723
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2221.55362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2371.51841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54927096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36733036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1894.52396
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 274 -
Rwork0.261 5063 -
obs--79.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.453 Å / Origin y: -17.479 Å / Origin z: 19.274 Å
111213212223313233
T0.0262 Å2-0.0117 Å20.0206 Å2-0.0147 Å20.0135 Å2--0.0804 Å2
L0.0633 °2-0.1116 °2-0.0084 °2-0.2437 °20.0986 °2--0.1507 °2
S-0.017 Å °-0.0119 Å °-0.0135 Å °-0.0028 Å °0.0021 Å °0.0267 Å °-0.0005 Å °0.0264 Å °0.015 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L46 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1L101 - 150
3X-RAY DIFFRACTION1L151 - 200
4X-RAY DIFFRACTION1L201 - 260
5X-RAY DIFFRACTION1L261 - 332
6X-RAY DIFFRACTION1S1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION1S352 - 392
8X-RAY DIFFRACTION1S403 - 460
9X-RAY DIFFRACTION1S461 - 527
10X-RAY DIFFRACTION1D46 - 98
11X-RAY DIFFRACTION1D101 - 150
12X-RAY DIFFRACTION1D151 - 200
13X-RAY DIFFRACTION1D201 - 260
14X-RAY DIFFRACTION1D261 - 334
15X-RAY DIFFRACTION1F352 - 391
16X-RAY DIFFRACTION1F403 - 450
17X-RAY DIFFRACTION1F451 - 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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