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- PDB-3g8h: Crystal structure of phospholipase A2 ammodytoxin C from vipera a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g8h
タイトルCrystal structure of phospholipase A2 ammodytoxin C from vipera ammodytes ammodytes
要素Phospholipase A2, ammodytoxin C
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOLIPASE A2 / AMMODYTOXIN / PRESYNAPTIC NEUROTOXIN / ANTICOAGULANT / SNAKE VENOM / LIPID DEGRADATION / METAL-BINDING / SECRETED / Neurotoxin / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 ammodytoxin C
類似検索 - 構成要素
生物種Vipera ammodytes ammodytes (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Saul, F.A. / Faure, G.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Comparative structural studies of two natural isoforms of ammodytoxin, phospholipases A2 from Vipera ammodytes ammodytes which differ in neurotoxicity and anticoagulant activity
著者: Saul, F.A. / Prijatelj-Znidarsic, P. / Vulliez-le Normand, B. / Villette, B. / Raynal, B. / Pungercar, J. / Krizaj, I. / Faure, G.
履歴
登録2009年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2, ammodytoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8712
ポリマ－13,7751
非ポリマー961
水3,585199
1
A: Phospholipase A2, ammodytoxin C
ヘテロ分子

A: Phospholipase A2, ammodytoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7424
ポリマ－27,5502
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.730, 67.730, 45.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

21A-536-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2, ammodytoxin C / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase


分子量: 13774.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vipera ammodytes ammodytes (ヘビ) / Secretion: VENOM / 株: NORTHERN BALKAN / 参照: UniProt: P11407, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.2M (NH4)2SO4, 0.1M IMIDAZOLE, 0.2M (LI)2SO4, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97565 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→45.33 Å / Num. all: 25781 / Num. obs: 25781 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.661 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZWP

1zwp


解像度: 1.35→45.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.04 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1013 3.9 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.172 25781 --
obs0.172 25781 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å2-0.44 Å20 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→45.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数954 0 5 199 1158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.9751377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88132007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2615128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36923.54248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05815173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.577157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2040.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5592800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3082261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8823996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1933475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9994379
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 37 -
Rwork0.31 666 -
obs--72.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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