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- PDB-3g8b: T. thermophilus 16S rRNA G527 methyltransferase in complex with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g8b
タイトルT. thermophilus 16S rRNA G527 methyltransferase in complex with AdoMet in space group I222
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase / translation / Cytoplasm / rRNA processing / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (guanine527-N7)-methyltransferase / rRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA small subunit methyltransferase G / rRNA small subunit methyltransferase G / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Demirci, H. / Gregory, S.T. / Belardinelli, R. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2009
タイトル: Structural and functional studies of the Thermus thermophilus 16S rRNA methyltransferase RsmG
著者: Gregory, S.T. / Demirci, H. / Belardinelli, R. / Monshupanee, T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.
履歴
登録2009年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6625
ポリマ－53,7692
非ポリマー8933
水9,512528
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3793
ポリマ－26,8851
非ポリマー4952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2832
ポリマ－26,8851
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.103, 113.976, 132.677
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G / 16S rRNA 7-methylguanosine methyltransferase / 16S rRNA m7G methyltransferase / Glucose-inhibited ...16S rRNA 7-methylguanosine methyltransferase / 16S rRNA m7G methyltransferase / Glucose-inhibited division protein B


分子量: 26884.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: gidB, rsmG, TTHA1971 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)Star
参照: UniProt: Q9LCY2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.22 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.8
詳細: 30% (v/v) methyl-2,4-pentanediol (MPD), microbatch technique under oil, temperature 277K, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9797
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 48613 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
精密化解像度: 2.1→28.82 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2419 5.05 %
Rwork0.181 --
obs0.182 47884 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.53 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.286 Å2-0 Å20 Å2
2---0.416 Å20 Å2
3---0.702 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3700 0 59 528 4287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7825223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.621475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.14290.29041400.23632671X-RAY DIFFRACTION99
2.1429-2.18940.21581390.20092664X-RAY DIFFRACTION99
2.1894-2.24030.21861530.18622689X-RAY DIFFRACTION99
2.2403-2.29630.21381350.18452686X-RAY DIFFRACTION99
2.2963-2.35840.21321310.19212674X-RAY DIFFRACTION99
2.3584-2.42780.24851530.19352660X-RAY DIFFRACTION99
2.4278-2.50610.20981520.19512661X-RAY DIFFRACTION98
2.5061-2.59560.2171630.19612652X-RAY DIFFRACTION99
2.5956-2.69950.21131260.19542687X-RAY DIFFRACTION98
2.6995-2.82220.22771540.20532673X-RAY DIFFRACTION98
2.8222-2.97090.19221350.21142670X-RAY DIFFRACTION98
2.9709-3.15680.23831440.20062658X-RAY DIFFRACTION97
3.1568-3.40020.17661290.18772685X-RAY DIFFRACTION98
3.4002-3.74170.20381410.16322673X-RAY DIFFRACTION97
3.7417-4.28160.19111290.14632687X-RAY DIFFRACTION97
4.2816-5.38860.13781410.13992670X-RAY DIFFRACTION96
5.3886-28.82120.1771540.17612705X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined-0.3879-0.1996-0.18860.88610.11571.3187-0.01770.1195-0.30970.05440.15210.6938-0.094-1.6817-0.1440.21810.1390.00910.67330.05950.358321.848555.5051-50.158
21.72011.37281.34281.24230.75461.09490.4454-0.502-0.02780.6957-0.243-0.0156-0.0108-0.7704-0.17480.50340.24340.10250.58120.08690.1535
32.4137-0.67770.39031.1543-0.13861.67310.09950.1576-0.28350.0085-0.03830.0512-0.0603-0.1154-0.05840.2070.0638-0.04440.203-0.01420.2003
41.65340.58841.0290.6286-0.71011.28930.17130.68010.5147-0.1671-0.2001-0.2853-0.34910.24960.03910.24010.0832-0.01660.32560.06210.2412
50.78660.324-0.30240.9450.23880.6868-0.0357-0.19660.11640.33110.16930.1995-0.08930.0933-0.05480.2660.0384-0.02480.30920.05150.2752
60.7798-0.4282-0.39140.0474-0.0331.3310.02510.1053-0.70550.0483-0.08960.46551.66920.1380.05040.67660.1675-0.01190.2285-0.00650.2747
7-0.15470.3814-0.40580.3676-1.02490.7875-0.33930.3479-0.0506-0.48570.4074-0.18730.8512-0.1909-0.0410.57520.119-0.01460.5429-0.02120.1856
81.1058-0.3209-0.09591.4897-0.03541.6939-0.01490.05470.04370.06390.05580.1470.22410.0491-0.03380.17730.05150.00250.19270.07210.1682
90.39490.6520.13311.4195-0.22871.1411-0.0765-0.12730.23030.36180.149-0.3334-0.05260.3915-0.03820.26090.0979-0.03770.32230.0490.2597
101.12850.54430.25831.20210.17841.56350.15230.3085-0.14810.07570.2604-0.0829-0.452-0.0385-0.38930.25730.03050.03540.26120.05810.3164
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN B AND RESSEQ 237:249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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