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万見
- PDB-3g60: Structure of P-glycoprotein Reveals a Molecular Basis for Poly-Sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g60
タイトルStructure of P-glycoprotein Reveals a Molecular Basis for Poly-Specific Drug Binding
要素Multidrug resistance protein 1a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / P-glycoprotein / Pgp / multidrug resistance / cyclic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone transport / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / negative regulation of sensory perception of pain / regulation of intestinal absorption ...hormone transport / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / negative regulation of sensory perception of pain / regulation of intestinal absorption / response to quercetin / cellular response to external biotic stimulus / response to antineoplastic agent / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / Prednisone ADME / terpenoid transport / ceramide floppase activity / response to glycoside / floppase activity / ceramide translocation / establishment of blood-retinal barrier / protein localization to bicellular tight junction / response to alcohol / ABC-family proteins mediated transport / response to thyroxine / establishment of blood-brain barrier / phosphatidylethanolamine flippase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / cellular response to L-glutamate / intercellular canaliculus / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / response to vitamin D / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / response to vitamin A / intestinal absorption / response to glucagon / phospholipid translocation / cellular response to antibiotic / cellular hyperosmotic salinity response / maintenance of blood-brain barrier / cellular response to alkaloid / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / lactation / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to estradiol stimulus / response to progesterone / female pregnancy / brush border membrane / placenta development / circadian rhythm / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JZ / ATP-dependent translocase ABCB1 / ATP-dependent translocase ABCB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Aller, S.G. / Yu, J. / Ward, A. / Weng, Y. / Chittaboina, S. / Zhuo, R. / Harrell, P.M. / Trinh, Y.T. / Zhang, Q. / Urbatsch, I.L. / Chang, G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure of P-glycoprotein reveals a molecular basis for poly-specific drug binding.
著者: Aller, S.G. / Yu, J. / Ward, A. / Weng, Y. / Chittaboina, S. / Zhuo, R. / Harrell, P.M. / Trinh, Y.T. / Zhang, Q. / Urbatsch, I.L. / Chang, G.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月13日Group: Atomic model
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein 1a
B: Multidrug resistance protein 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,1714
ポリマ－283,7962
非ポリマー1,3752
水00
1
A: Multidrug resistance protein 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5852
ポリマ－141,8981
非ポリマー6871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Multidrug resistance protein 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5852
ポリマ－141,8981
非ポリマー6871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.629, 115.090, 374.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance protein 1a / MCG1178


分子量: 141897.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, mCG_1178 / 参照: UniProt: Q5I1Y5, UniProt: P21447*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-0JZ / (4R,11R,18R)-4,11,18-tri(propan-2-yl)-6,13,20-triselena-3,10,17,22,23,24-hexaazatetracyclo[17.2.1.1~5,8~.1~12,15~]tetracosa-1(21),5(24),7,12(23),14,19(22)-hexaene-2,9,16-trione / cyclic-tris-(R)-valineselenazole / QZ59-RRR


分子量: 687.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N6O3Se3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.45 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 20-23% PEG400, 0.05M TRIS, 0.04% sodium cholate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→20 Å / Num. all: 27007 / Num. obs: 25576 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 121.9 Å2 / Rsym value: 0.073
反射 シェル解像度: 4.4→4.67 Å / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.4→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 215488.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.365 2562 10 %RANDOM
Rwork0.314 ---
all0.314 27007 --
obs0.314 25576 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 119.909 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 198.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.79 Å20 Å20 Å2
2--50.27 Å20 Å2
3----35.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error1.23 Å0.92 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a1.2 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.4→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18342 0 72 0 18414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it20.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it31.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it20.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it30.532.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 4.4→4.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.472 402 10.2 %
Rwork0.421 3554 -
obs--90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2QZ59RRR.paramQZ59RRR.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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