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- PDB-3g3p: The structure of the M53A Mutant of the Caulobacter crescentus CL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g3p
タイトルThe structure of the M53A Mutant of the Caulobacter crescentus CLPS in complex with a peptide containing an amino-terminal norleucine residue
要素
  • ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
  • Peptide (NLE)LFVQRDSKE
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / adaptor / protein-peptide complex / peptide-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein catabolic process / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Adaptor protein ClpS, core / ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.478 Å
データ登録者Baker, T.A. / Roman-Hernandez, G. / Sauer, R.T. / Grant, R.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Caulobacter crescentus ClpS in complex with various peptides
著者: Roman-Hernandez, G. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
D: Peptide (NLE)LFVQRDSKE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0294
ポリマ－21,0053
非ポリマー241
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
2
A: ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9092
ポリマ－9,8841
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS
D: Peptide (NLE)LFVQRDSKE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1212
ポリマ－11,1212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.665, 54.049, 44.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent Clp protease adapter protein clpS


分子量: 9884.229 Da / 分子数: 2 / 変異: M53A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: CB15 / 遺伝子: CC_2467, clpS / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A5I0
#2: タンパク質・ペプチド Peptide (NLE)LFVQRDSKE


分子量: 1236.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide containing unnatural amino acid norleucine at it's amino terminus
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.06 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M bis-tris, 0.2 M MgCl2, 13% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月5日 / 詳細: Varimax-HR
放射モノクロメーター: Varimax-HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 22484 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 61.523
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.48-1.534.60.06848
1.53-1.595.70.06776.9
1.59-1.6770.06293
1.67-1.7570.05393.8
1.75-1.867.10.04895.3
1.86-2.017.10.0495.7
2.01-2.217.10.03796.7
2.21-2.537.10.03597.8
2.53-3.197.10.03698.5
3.19-506.90.03896.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.4_129精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.478→20.902 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 18.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1911 1126 5.01 %
Rwork0.1686 --
obs0.1697 22463 89.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.217 Å2 / ksol: 0.453 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.559 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.83 Å2-0 Å2-0.566 Å2
2---8.798 Å20 Å2
3----8.508 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.478→20.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2831 0 1 307 3139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8251986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.461550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4781-1.54540.1423710.14621521X-RAY DIFFRACTION51
1.5454-1.62680.18231360.14462546X-RAY DIFFRACTION85
1.6268-1.72870.17721340.15222789X-RAY DIFFRACTION94
1.7287-1.86210.18771500.162846X-RAY DIFFRACTION95
1.8621-2.04930.20611480.15342836X-RAY DIFFRACTION96
2.0493-2.34550.17911680.14062892X-RAY DIFFRACTION97
2.3455-2.95380.16781560.14872946X-RAY DIFFRACTION98
2.9538-20.90440.18471630.16472961X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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